1.谢谢sob老师回复。图二和图三是蛋白骨架的rmsd曲线，图二是我自己模拟的结果（去掉坐标，纠正周期性，以第一帧为基准，选择backbone做的rmsd图），我是要通过骨架的rmsd图看模拟过程是否收敛，然后发现了输出帧数的差别。
2.输出频率影响轨迹后处理分析这点，就是会给人模拟结果并不好的错觉。譬如得到的骨架rmsd结果,看起来不收敛。不过只要不影响实际模拟结果，就能说得过去。
3.sob老师，因为我现在apo 蛋白的骨架rmsd比蛋白配体复合物还要略低，那我做一下rmsf，只要关键几个氨基酸残基，柔性降低就可以。可以这样理解吗？

图里面的曲线的含义完全没解释，根本没法回答

输出频率原理上不影响直接给出的结果，但会影响轨迹后处理分析的结果，诸如算rdf，采样帧数越多曲线越平滑。

如果口袋比较柔，和小分子结合是往往会令相应区域柔性减弱。可以算各个残基的RMSF，把两种状态的RMSF图放在一起对比，会比较清楚