古德猫宁341 发表于 2025-3-20 16:49
我懂的也不多，不过我可以简单讲一下我建模的过程，有关参数的设置可以参考一下polymatic的手册。
流程 ...

感谢您的讲解，因为我是才接触了半个多月相关计算，对于polymatic是这周才用到的，再向您请教几个很小白的问题，就是我自己需要准备哪些文件呢?需要修改哪些文件中的内容呢？
还有一个问题，以数据包中的例6为例，您能说一下怎么去运行这个例6，最后是通过python运行polymatic还是运行poly_loop.py呢？

294459463 发表于 2025-3-20 09:46
您好，我最近再学习polymaitc的使用，请问polymatic中修改交联反应是只需要定义好相关的交联对象、还有数据 ...

我懂的也不多，不过我可以简单讲一下我建模的过程，有关参数的设置可以参考一下polymatic的手册。
流程大概是这样的：1.我的体系是由两种不同的片段组成的，所以我分别建立了两种片段的模型（去掉了多余的氢），然后把模型中的对应的“反应原子”进行标记；2.把这两个片段以一定的比例混合，建立一个data文件（可以用VMD或者moltemplate等工具），力场参数里面需要包含现有的未反应的片段，以及交联后结构的所有参数；3.准备polym.in和type.txt文件（手册里有）；4.运行polymatic。
感觉总体流程和手册中的例子差不多。

您好，我最近再学习polymaitc的使用，请问polymatic中修改交联反应是只需要定义好相关的交联对象、还有数据文件就行了吗？您能简单讲一下具体的准备流程吗？