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求助,能画出RDG图却没法在VMD得到对应等值面

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发布时间: 2024-4-1 15:18

正文摘要:

分子是一个完平面的分子,一开始我以为是电子密度太大被屏蔽了,但将RDG_maxrho改成0后,VMD中仍无法正常得到等值面(也尝试过调大这个阈值,依然无法奏效)。使用IRI分析可以正常显示所有相互作用,但我的工作中并 ...

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wwy000416 发表于 Post on 2024-4-1 15:23:23
sobereva 发表于 2024-4-1 15:20
使用IRI方法图形化考察化学体系中的化学键和弱相互作用
http://sobereva.com/598(http://bbs.keinsci.com ...

好的,谢谢老师我尝试一下
sobereva 发表于 Post on 2024-4-1 15:20:45
使用IRI方法图形化考察化学体系中的化学键和弱相互作用
http://sobereva.com/598http://bbs.keinsci.com/thread-23457-1-1.html

里面说了
如果你只希望IRI展现弱相互作用区域,而不想把成键区域也表现出来,可以在Multiwfn做完IRI分析后选择屏幕上的选项9 Screen out covalent bond regions (set IRI to 100 for regions with sign(lambda2)rho < -0.1 a.u.)(此选项在2024-Mar-29及以后更新的Multiwfn里才有),之后sign(λ2)ρ小于-0.1 a.u.的区域内的IRI值就会被设为一个很大的值100。这样做的理由是形成化学键的区域通常电子密度都较大,因而sign(λ2)ρ比-0.1 a.u.更负,此区域的IRI设成很大的值后再绘制等值面图时就看不到这块区域了。之后你再导出func1.cub和func2.cub、用IRIfill.vmd脚本作图,就会发现成键区域确实已经看不见了,对苯酚的例子如下所示

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