zhaoxiaoni 发表于 2024-8-15 10:58
感谢两位老师。那我在Gaussian中是直接用Basis Set Exchange上的SARC-DKH2还是用您上面提到的修改后的Am. ...

前一个问题：都可以。
后一个问题：取决于你要做什么计算。产生的Am.gjf文件中写好了UHF的关键词，当然你还可以修改核数和内存等。这里举两个例子
（1）UHF计算，gjf文件前几行示例

1. %chk=Am.chk
   
2. %nprocshared=64
   
3. %mem=180GB
   
4. #p UHF/gen int(nobasistransform,DKH2) nosymm guess=cards stable=opt
   
5. ...(剩余内容不动)

复制代码

相当于用ORCA的UHF初猜，使用Gaussian做UHF计算，开启了DKH2哈密顿，并检验波函数稳定性。这个单原子的计算结果是E(UHF) = -30336.1908255 a.u.

（2）UB3LYP计算，gjf文件前几行示例

1. %chk=Am_GAU.chk
   
2. %nprocshared=64
   
3. %mem=180GB
   
4. #p UB3LYP/gen int(nobasistransform,DKH2) nosymm stable=opt
   
5. 
   
6. generated by utility mkl2gjf in MOKIT
   
7. 
   
8. 0 8
   
9. Am         0.00000000         0.00000000         0.00000000
   
10. 
    
11. 1 0
    
12. S   9  1.00
    
13. ... (基组数据)
    
14. (空行)
    
15. (空行)

复制代码

删掉底下轨道数据，这里我们做的是UB3LYP计算，用不到UHF初猜。

zhaoxiaoni 发表于 2024-8-15 11:55
老师，我在运行orca_2mkl Am -mkl这条命令的时候提示
Reading the input file Am.gbw      ...

这是因为你混用了不同版本的ORCA所致，这与混用不同版本Gaussian类似，都是十分不好的习惯，解决办法在18L已经有人说了。要确保orca_2mkl和orca是同一个版本的，比如都是5.0.3。此贴2L和4L我也给出了详细解答http://bbs.keinsci.com/thread-47632-1-1.html

zhaoxiaoni 发表于 2024-8-15 16:55
我是直接就在当前计算的文件夹下运行的orca_2mkl这个命令

跟在哪个目录没关系，提交的脚本里面加入

1. dirname $(\which orca)

复制代码

命令，然后跑orca_2mkl之前看

1. dirname $(\which orca_2mkl)

复制代码

，看两者是否一致。

snljty2 发表于 2024-8-15 14:46
先确保你计算用的orca和转波函数用的orca_2mkl是来自同一个版本的看看。

我是直接就在当前计算的文件夹下运行的orca_2mkl这个命令

zhaoxiaoni 发表于 2024-8-15 11:55
老师，我在运行orca_2mkl Am -mkl这条命令的时候提示
Reading the input file Am.gbw      ...

先确保你计算用的orca和转波函数用的orca_2mkl是来自同一个版本的看看。

zjxitcc 发表于 2024-8-14 21:57
对于Am元素，Basis Set Exchange上的SARC-DKH2 就是ORCA程序内置的SARC-DKH-TZVP，可以这么验证：
写一 ...

老师，我在运行orca_2mkl Am -mkl这条命令的时候提示
Reading the input file Am.gbw      ...

WARNING!!!!!!!
Your GBWFile is either corrupt or from a different ORCA version!
Please be VERY careful with your calculation results!!!

Data_size, sizeof( TOrcaInfo ): 651728, 491312
[file orca_tools/qcmem.cpp, line 870]:  OUT OF MEMORY ERROR!

[file orca_tools/qcmem.cpp, line 870]:  OUT OF MEMORY ERROR!
我用的ORCA版本是ORCA-5.0.3, 看log文件是正常结束任务了的。

zjxitcc 发表于 2024-8-14 21:57
对于Am元素，Basis Set Exchange上的SARC-DKH2 就是ORCA程序内置的SARC-DKH-TZVP，可以这么验证：
写一 ...

感谢两位老师。那我在Gaussian中是直接用Basis Set Exchange上的SARC-DKH2还是用您上面提到的修改后的Am.gjf，如果是用Am.gjf，那应该怎么修改就可以用于Gaussian计算。

zhaoxiaoni 发表于 2024-8-14 17:27
老师，您好，我在ORCA中Am元素用的是SARC-DKH-TZVP，我在Gaussian中计算的时候在基组库只找到一个SARC-DK ...

对于Am元素，Basis Set Exchange上的SARC-DKH2 就是ORCA程序内置的SARC-DKH-TZVP，可以这么验证：
写一个ORCA输入文件Am.inp

1. %pal nprocs 1 end
   
2. %maxcore 2000
   
3. %scf
   
4. DryRun True
   
5. end
   
6. ! UHF SARC-DKH-TZVP
   
7. *xyz 0 8
   
8. Am   0.0    0.0   0.0
   
9. *

复制代码

DryRun表示不进行SCF计算，任务几秒结束，这样也会产生Am.gbw文件，那些Amxxx.tmp没用的文件都删掉。依次运行

1. orca_2mkl Am -mkl
   
2. mkl2gjf Am.mkl

复制代码

这会产生Am.gjf文件，内含SARC-DKH-TZVP基组数据，可与Basis Set Exchange上的SARC-DKH2详细对比，发现一致。其他元素可用类似手段验证。orca_2mkl是ORCA内置小程序，mkl2gjf是MOKIT的小程序。此处Am.gjf文件不仅可以用于验证基组数据，也可稍加修改后用于Gaussian的具体计算。

zhaoxiaoni 发表于 2024-8-14 10:27
老师，您好，我在ORCA中Am元素用的是SARC-DKH-TZVP，我在Gaussian中计算的时候在基组库只找到一个SARC-DK ...

如果BSE上面找不到的话，可以在orca里面用%output print[p_basis] 2 end输出基组的定义

zjxitcc 发表于 2024-4-4 21:21
我还有个困惑，我看你在ORCA里用的似乎是DKH2相对论哈密顿+相对论全电子基组，那你在Gaussian里用什么呢 ...

老师，您好，我在ORCA中Am元素用的是SARC-DKH-TZVP，我在Gaussian中计算的时候在基组库只找到一个SARC-DKH这个，我不太懂这儿应该怎么用

zjxitcc 发表于 2024-4-13 10:37
恭喜成功完成了计算。有一点需要说明一下，fch2mkl生成的inp文件里不需要写KDIIS，因为初始轨道已经十分 ...

噢噢，明白了老师，非常感谢您!

The_only_oneZLY 发表于 2024-4-13 08:17
非常感谢老师的分享和指导，根据您说的方法，我先在Gaussian中用如下关键字得到了稳定的轨道，

接着用 ...

恭喜成功完成了计算。有一点需要说明一下，fch2mkl生成的inp文件里不需要写KDIIS，因为初始轨道已经十分好了。加KDIIS 大概率不如 没加时候 收敛快。不过既然你已经收敛了，倒也没必要去折腾更快的收敛方式。

可使用MOKIT的fch2mkl小程序从Gaussian传轨道给ORCA，fch2mkl最高支持I角动量（即比H角动量高）。我不知道你体系的坐标，这里以单个Dy原子举例，Dy.gjf文件内容为

1. %mem=180GB
   
2. %nprocshared=64
   
3. %chk=Dy.chk
   
4. #p RHF gen nosymm int(nobasistransform,DKH2)
   
5. 
   
6. title
   
7. 
   
8. 0 1
   
9. Dy   0.0   0.0   0.0
   
10. 
    
11. （Sapporo-DKH3-QZP-2012基组数据等，太长了，这里不写出来了）
    

复制代码

高斯算完后获得Dy.chk文件，依次执行

1. formchk Dy.chk Dy.fch
   
2. fch2mkl Dy.fch
   
3. orca_2mkl Dy_o -gbw

复制代码

产生Dy_o.inp, Dy_o.mkl, Dy_o.gbw三个文件，其中坐标，方法，基组数据，DKH2哈密顿等关键词全都写好了。提交给ORCA做计算，SCF立即收敛。有几点注意事项：
（1）inp文件里的内存和核数，可以根据自己的需求修改。
（2）gjf文件中应带上nosymm int=nobasistransform关键词进行计算，使传轨道后收敛更快。
（3）gjf文件中若用的是RHF/ROHF/UHF方法，fch2mkl会自动识别并将其写入inp文件，因此无需修改方法。若用的是某一种泛函，fch2mkl无法自动识别，需要自己添加泛函名称和相应的关键词，例子可以看以往的帖子
http://bbs.keinsci.com/forum.php ... 285755&fromuid=2632