Dreamer1 发表于 2024-4-24 20:20 我感觉是一个意思，我记得之前有个帖子专门讲过这个，我找不到了具体的帖子了 |
liuhao 发表于 2024-4-22 22:35 您好，我想问，你说的这个结合能和吸附能是一个意思吗？ |
sobereva 发表于 2024-4-23 06:48 谢谢卢老师的指导，我调整一下，重新计算，谢谢老师！ |
liuhao 发表于 2024-4-22 22:35 好的，谢谢你的提醒，我会认真读一遍帖子，感谢！ |
Dreamer1 发表于 2024-4-22 10:47 这是振动分析时候硬盘不够所致。大体系DFT振动分析的rwf文件很占硬盘 参考北京科音基础（中级）量子化学培训班（http://www.keinsci.com/workshop/KBQC_content.html）的ppt： 
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本帖最后由 liuhao 于 2024-4-22 22:41 编辑 你可以再仔细研读一下Sob老师的帖子，我前段时间刚算了一个和你这个非常像的体系，这个帖子非常受用。http://bbs.keinsci.com/thread-25306-1-1.html。 如果你用BSSE，那结合能可以从输出文件的complexation energy这个位置直接读出。并且单独的分子和离子不用单独算单点能。 另外，我看你的石墨烯模型建的很大，你的基组是不是太大了，根本算不动，这也是你为什么算了20个小时，建议参考Sob老的帖子中的，6-31g*用于几何优化，之后做一个高精度单点能。 |
sobereva 发表于 2024-4-20 08:40 好的卢老师，谢谢您的指导！ |
Dreamer1 发表于 2024-4-19 23:38 否 应当用第3步给出的counterpoise校正后的体系能量减去1、2步的能量 |
sobereva 发表于 2024-4-19 05:32 卢老师，我这会又回顾了一遍帖子，以我的理解总结了一下计算步骤，比方说要算阳离子与炭电极的吸附能， 第一步，阳离子B3LYP-D3(BJ)/6-311G*优化，B3LYP-D3(BJ)/6-311+G(2d,p)计算单点能； 第二步，石墨烯片段B3LYP-D3(BJ)/6-311G*优化，B3LYP-D3(BJ)/6-311+G(2d,p)计算单点能； 第三步，（阳离子与石墨烯复合物）B3LYP-D3(BJ)/6-311G*优化，B3LYP-D3(BJ)/6-311+G(2d,p)带上counterpoise计算相互作用能。 第四步，用第三步的相互作用能减去第一、第二步的单点能，就是最终的吸附能，这样对吗？ |
sobereva 发表于 2024-4-19 05:32 好的，老师，我下次一定正确地表达。那这个吸附能，是不是得用复合物结构下的片段间相互作用能（corrected的相互作用能），减去阴离子、石墨烯片段分别单独优化、计算出来的单点能？如果是这样，那阴离子、石墨烯片段分别算单点能时，需要带counterpoise吗？ |
Dreamer1 发表于 2024-4-18 23:24 是 那叫“corrected的相互作用能”，不要说成“corrected的能量”。直接给你的是复合物结构下的片段间相互作用能，和结合能之间相差变形能。 |
sobereva 发表于 2024-4-7 05:30 老师，对于您回答的第三点，我操作的时候发现没太明白。我要计算上述公式中的能量，是不是需要分别对阴离子、石墨烯、（阴离子+石墨烯复合物）三个分别几何优化然后再计算三个能量，最后相加减吗？ 我记得计算离子与溶剂之间的结合能时，是直接把两个放到一起去几何优化然后带counterpoise计算能量，最后会得出一个corrected的能量就是他们的结合能。 那这里计算吸附能，与计算结合能的思路和步骤不一样吗？是需要分别几何优化算能量？ |
sobereva 发表于 2024-4-8 02:32 好的，谢谢卢老师！ |
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