sobereva 发表于 2016-11-15 07:16 sob老师，我在看J_from_g09这个程序时，发现其末尾存在这样的内容“5-fold HOMO average”和“5-fold LUMO average”，我的理解是用了前5个轨道的平均；也有只用了单个HOMO或LUMO轨道的。我想请问一下这个什么时候用前5个轨道平均，什么时候用单个轨道呢？还有就是这个平均出来是有什么物理意义吗？谢谢 
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本帖最后由 让你变成回忆 于 2018-5-9 11:18 编辑 珊珊来迟 发表于 2017-8-22 22:47 1.Fock矩阵的计算： 这里的Fock矩阵指的是dimer的Fock矩阵，根据公式：F * C = S * C * E，因此，有：F = S * C * E * C^-1，因此需要知道的信息有：重叠矩阵，轨道系数构成的矩阵。至于如何具体计算，就是得从log文件或者fchk文件里提出这些信息以及调用一些现成的库去计算矩阵的逆、乘积等等； 这部分内容请看sob老师有一篇博文，题目叫《从Gaussian和GAMESS-US中提取电子积分》。然后这里的轨道系数C，指的应该是monomer的C。 2. 从fchk文件中可以提取出精度较高的分子轨道系数，具体关键词是：Alpha MO coefficients。fch文件的格式以及如何去读数据，请看sob老师的另一篇博文，题目为：wfn和fch文件的转换（具体题目可能有些差异）。 3.本征值对于正则分子轨道而言，就是轨道能量，可以从fch文件中找到Alpha MO energy关键词读取。 4.这是一个积分的表达式，不过采用具体的基组以后，就可以转换为矩阵乘积的形式。 如果我没理解错，你计算的应该是这篇文献里计算转移积分的方法：10.1021/ja061827h ，所谓格点能修正方法。 PS：想要知道fch文件包含的信息，一个不错的方式是去读Multiwfn的源代码的FileIO.f90中readfch这个子程序，就是讲如何读fch文件的。 |
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珊珊来迟 发表于 2018-1-14 22:20 .com文件是gaussian的输入文件。 octave是一个程序，类似于matlab。get_J.m是一段octave的源代码，放在matlab里面也能跑。第五步就是用octave运行get_J.m,同时需要上一步产生的文件。。 |
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楼主您好，关于用这个小程序计算转移积分，我想请教您两个问题:1) example文件中的xxx_1.com xxx_2.com xxx_pair.com三个文件是怎么产生的呢？
2) 请问教程中的第5步是什么意思呀？
非常期待您的回复，谢谢！~ |
珊珊来迟 发表于 2017-8-30 10:47 这个可能是输出文件和程序读取的方式不吻合，需要修改程序 |
janeli1995 发表于 2017-8-29 03:37 非常感谢前辈的耐心解答！在前辈帮助下我已经有点头绪了。在用J_from_g03程序计算时，第3步
出现了问题，说没有读取到分子轨道的基组数目，前辈可以帮我看一下吗？下面是问题的贴图
（2）另外关于第5步我没太读懂，需要在get_J.m 添加MOs数目和单分子HOMO的注释说明，具体是需要怎么操作呀？
再次感谢您的帮助！ |
珊珊来迟 发表于 2017-8-22 22:47 1. 高斯关键词示例：# b3lyp nosymm punch=mo iop(3/33=1) 具体泛函基组根据需要选择 2. 上述关键词会输出轨道系数 查一下orbital coefficient 3. 本征值就是每个轨道对应的能量值 输出文件里面的好像是eignevalue 4. 用J_from_g03代码计算即可 |
janeli1995 发表于 2016-12-12 02:16 前辈你好，最近想计算转移积分，关于直接耦合法甚是费解，希望前辈能指导一二，我有几个问题，前辈有时间的话可否帮我解答？ 1.计算fock矩阵需要计算dimer的重叠积分，轨道系数，及本征值，可这三个参数具体用高斯怎么计算呢？http://muchong.com/html/201707/5016849.html这个帖子中有看到sob老师介绍的计算重叠积分的方法不知是否可用？ 2.计算轨道系数需要什么关键词呢？输出文件在哪里找这个信息？ 3.本征值我也不太清楚它的含义。。要怎么用高斯计算。。 4.最后这些参数都算出来了，这个公式<HOMO | F | HOMO >具体怎么用？我看的一头雾水。。 对于这方面的知识我实在是太欠缺了，所以问题都比较......或者前辈有什么可以参考的资料推荐我去自学一下。谢谢您！ |
stecue 发表于 2016-12-13 05:43 20,30年前的用法。。。直接照抄文章里的句子  确实就是Fock算符（矩阵） |
wswrpd 发表于 2016-11-22 08:03 就是Fock算符和Fock矩阵吧，为啥要省三个字母，不常见呢。 |
sobereva 发表于 2016-11-20 16:38 谢谢老师！我找到一篇文章，Kirkpatrick, J. (2008). An approximate method for calculating transfer integrals based on the ZINDO Hamiltonian. International Journal of Quantum Chemistry, 108(1), 51–56. http://doi.org/10.1002/qua.21378 是把dimer投影到一个monomer构成的矩阵之后计算的，我已经按照这个方法算出结果了，谢谢您~ |
wswrpd 发表于 2016-11-22 10:23 谢谢您！我懂了~ |
janeli1995 发表于 2016-11-20 09:12 补充一下，所以你要算的是，固定两个分子之间的相对位置。 分别计算每一个分子单独存在时的波函数。我把他们称为phi_1和phi_2 然后你要做的就是计算这一个积分<phi_1|F|phi_2>这里的F就是我上面回帖里面的那个公式（不是参考文章里面的那个矩阵） 最后计算得到的结果当然有正有负，因为这个结果是有“相位”的，如果你要加入外加磁场说不定这个coupling 还会是复数呢。 |
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本帖最后由 wswrpd 于 2016-11-22 10:25 编辑 我看了你说的文章，感觉基本是应该理解了。 推荐你看这一篇文章 Modeling the Bacterial Photosynthetic Reaction Center 3: Interpretation of Effects of Site-Directed Mutagenesis on the Special-Pair Midpoint Potential† Biochemistry 2000, 39, 16185-16189 里面的（2）式是抽象F operator（或者叫做F matrix）的表示。 注意你提供的文章的（2）式子，phi_i^0和phi_j^0作用在我说的（2）式F里，正好得到的是coupling J，这就是两个分子之间的coupling 而实际进行计算时候用的是真正的F operator 当然用这个计算<phi_i^0|F|phi_i^0> 就是我提供文章里给出的E_L或者E_M了 如果有问题欢迎继续讨论 |
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