求助通过gromacs做分子动力学模拟获取dimer的构型

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发布时间: 2024-4-9 01:15

上图是在平衡条件下两种不同的分子（A分子和B分子）构成的dimer 可能存在的构型，在拜读sob老师的“使用Molclus结合xtb做的动力学模拟对瑞德西韦(Remdesivir)做构象搜索”的博文后，我对单分子构象搜索有 ...

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sobereva 发表于 Post on 2024-4-10 03:10:45

Hyperion 发表于 2024-4-9 12:38
那第一个问题呢老师使用Molclus结合xtb是否适用于有两种分子的体系去寻找二聚体的构型

第二个问题是 ...

genmer：生成团簇初始构型结合molclus做团簇结构搜索的超便捷工具
http://bbs.keinsci.com/thread-2369-1-1.html

一个A分子一个B分子就完了

Hyperion 发表于 Post on 2024-4-9 12:38:55

sobereva 发表于 2024-4-9 12:31
适用。Molclus主页（http://www.keinsci.com/research/molclus.html）上写了
“100个A分子和100个B分子” ...

那第一个问题呢老师使用Molclus结合xtb是否适用于有两种分子的体系去寻找二聚体的构型

第二个问题是，请问老师如果想得到AB二聚体，可以用哪些模型呢

sobereva 发表于 Post on 2024-4-9 12:31:37

xtb程序跑动力学结合molclus：普适性极强，用于构象搜索、原子/分子团簇构型搜索皆可，使用容易（不受力场约束，不需要准备拓扑文件）。但有动力学采样不充分导致遗漏构象的风险

“100个A分子和100个B分子” 这种体系不是用来得到搜索AB二聚体的初猜构型用的

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