寻找双甲基酰胺键水解过渡态，一直没有成功，想请问各位老师我是哪里出现了问题

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LZN

发布时间: 2024-4-9 16:54

反应式如下，我用了两种方法寻找酰胺键过渡态： 1、直接猜测过渡态TS，把水分子放在靠近水解位点多个位置，未成功，水分子会飞走。2、我将水分子插入水解位点，用柔性扫描得到一个初猜，又跑了过渡态得到一个虚频， ...

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mettlyz 发表于 Post on 2024-4-12 09:28:44

LZN 发表于 Post on 2024-4-9 20:20:53

本帖最后由 LZN 于 2024-4-9 20:29 编辑

sai77 发表于 2024-4-9 18:38
初猜不太合理，水分子离羰基碳再近一点，设置1.7-1.8埃左右；羰基碳-N-H-O四个原子保持在一个平面形成一个 ...

谢谢老师指导

sai77 发表于 Post on 2024-4-9 18:38:44

本帖最后由 sai77 于 2024-4-9 18:41 编辑

初猜不太合理，水分子离羰基碳再近一点，设置1.7-1.8埃左右；羰基碳-N-H-O四个原子保持在一个平面形成一个四元环过渡态
用PM6算了一个，不到30秒就可以收敛，可以作为DFT的初猜

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wzkchem5 发表于 Post on 2024-4-9 17:43:29

LZN 发表于 2024-4-9 10:05
谢谢老师，我看文献里有的体系（与我搭建的不同）有一个水分子反应也有两个水分子协同反应的，所以我想从 ...

既然你说有文献研究了一个水分子的反应，那么必然可以参考文献的过渡态结构来搭，即使正文里没有，SI里也会有

LZN 发表于 Post on 2024-4-9 17:05:01

wzkchem5 发表于 2024-4-9 16:57
这种反应很早就有文献研究了，没必要不查文献自己走弯路。
这种反应要么酸催化，要么碱催化，即使在纯水里 ...

谢谢老师，我看文献里有的体系（与我搭建的不同）有一个水分子反应也有两个水分子协同反应的，所以我想从一个水分子开始计算，但是我目前没找到合适的过渡态，是不是可能我这个体系在一个水分子下很难反应，或者我的初猜结构问题很大

wzkchem5 发表于 Post on 2024-4-9 16:57:41

这种反应很早就有文献研究了，没必要不查文献自己走弯路。
这种反应要么酸催化，要么碱催化，即使在纯水里反应，也应该涉及多个水分子协同反应

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