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Gromacs top文件 '[ molecules ]' Invalid order for directive molecules

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杨达山

发布时间: 2024-4-9 18:04

正文摘要:

大家好，想用Gromacs 模拟电解液，packmol 生成的大盒子体系。用gromacs能量最小化时，报错: “Fatal error: Syntax error - File model-45A.top, line 26 Last line read: '[ molecules ]' Invalid order ...

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slxc920113 发表于 Post on 2024-4-10 22:43:24

top文件中[ molecules ] 里面的分子名称必须要和前面 #include 的xxxx.itp文件里面的 [ moleculetype ]定义的名称保持一致，不是随意写的，大小写也需要保持一致。

sobereva 发表于 Post on 2024-4-9 21:10:49

老生常谈的基础性问题。建议通过北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_content.html）系统性学一遍再跑

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