VMD如何根据计算得到的RMSF值着色？

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发布时间: 2024-4-10 10:08

本帖最后由 DuMilk 于 2024-4-10 10:08 编辑在跑完分子动力学模拟后，能否根据MD模拟计算出的蛋白质主链上α碳原子的RMSF值，根据RMSF值使用VMD给每个蛋白质残基上色？想要体现不同蛋白质残基的波动情况。这应 ...

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DuMilk 发表于 Post on 2024-4-10 21:39:58

dzdhp 发表于 2024-4-10 15:10
可以用gmx rmsf命令将RMSF转换为b因子并输入到pdb，详细命令看手册

非常感谢，我找到了Amber也有对应的工具Cpptraj。有需要的可以查看文档https://amberhub.chpc.utah.edu/atomicfluct-rmsf/

dzdhp 发表于 Post on 2024-4-10 15:11:51

抱歉看错了，gromacs是这样操作的，amber我也不知道咋弄

dzdhp 发表于 Post on 2024-4-10 15:10:37

可以用gmx rmsf命令将RMSF转换为b因子并输入到pdb，详细命令看手册

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