求助，如图这种自构建纤维素双链如何选择力场用GROMACS做动力学比较合适？

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发布时间: 2024-4-10 10:56

本帖最后由 dahai7719 于 2024-4-10 10:57 编辑 sob老师好：如图中这种纤维素双链的伯羟基被双四唑环酯化桥接后，部分羟基被硝化，部分羟基与羟胺形成强H键，如果用GROMACS做乙醇：丙酮=1：1溶剂环境下的动力学， ...

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dahai7719 发表于 Post on 2024-4-11 07:43:34

sobereva 发表于 2024-4-11 01:00
虽然可以尝试用GAFF试一下，但效果未必理想，特别是中间双四唑那部分区域，GAFF自身没有很合适 ...

好的，谢谢sob老师解答！

sobereva 发表于 Post on 2024-4-11 01:00:57

虽然可以尝试用GAFF试一下，但效果未必理想，特别是中间双四唑那部分区域，GAFF自身没有很合适的参数

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