求助，gmx续跑RMSD出现问题

查看数: 999 | 评论数: 2 | 收藏 Add to favorites 0

关灯 | 提示：支持键盘翻页<-左右->

发布时间: 2024-4-12 11:30

大家好，我们使用gromacs对DNA进行MD模拟，先是进行了50ns的模拟，RMSD见图1，我认为还没有平衡想着再续跑 30ns看看效果，续跑的代码见图2，但是我发现，续跑的RMSD出现的异常，图3。

回复 Reply

Liota 发表于 Post on 2024-5-14 14:18:08

可能因为后买你跑的时候分子跑出去盒子了，建议结合轨迹文件看看

sobereva 发表于 Post on 2024-4-13 07:45:32

仔细看此文里关于RMSD的部分
谈谈怎么判断分子动力学模拟是否达到了平衡
http://sobereva.com/627（http://bbs.keinsci.com/thread-27122-1-1.html）

		自动登录 Automatic login	找回密码 Forget password
密码 Password			注册 Register