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求助：生成拓扑缺少si相关的二面角参数问题

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MGRACE

发布时间: 2024-4-12 13:02

正文摘要:

各位老师好，目的是模拟聚合物和蛋白的吸附。聚合物是聚二甲基硅氧烷，由于amber力场没有si与h，o，c等原子形成的二面角参数，网上看到相关二面角参数（AMBER Archive (2008) - Re: AMBER: parameters for silicon a ...

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MGRACE 发表于 Post on 2024-6-21 11:11:09

ManWhatCanISay 发表于 2024-6-19 21:04
您好，请问除了二面角之外的键长、键角等的参数您是怎么获得的，我看到有几篇文章用gaff做pdms，但是不知道 ...

看卢天老师关于sobtop的博文，另外ATB也可以生成，不过是gromos力场的

ManWhatCanISay 发表于 Post on 2024-6-19 21:04:21

您好，请问除了二面角之外的键长、键角等的参数您是怎么获得的，我看到有几篇文章用gaff做pdms，但是不知道他们的参数是多少

slxc920113 发表于 Post on 2024-4-14 00:03:56

这篇文献有参数，你补充一下就行。

Atomistic Simulation of Poly(dimethylsiloxane): Force Field Development, Structure, and Thermodynamic Properties of Polymer Melt and Solubility of n-Alkanes, n-Perfluoroalkanes, and Noble and Light Gases

MGRACE 发表于 Post on 2024-4-12 14:06:12

社会主义小战士发表于 2024-4-12 13:15
不行。非要用的话容易被质疑。

好的，谢谢

社会主义小战士 发表于 Post on 2024-4-12 13:15:31

不行。非要用的话容易被质疑。

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