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求解gmx energy计算的能量跟结合自由能的区别

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azero

发布时间: 2024-4-12 16:13

正文摘要:

本帖最后由 azero 于 2024-4-12 16:15 编辑准备做一个模拟：将不同质子状态化（不同PH）的某一蛋白放置于小分子水溶液（体系好多小分子模拟开始时均匀分布于盒子中），想看看哪个质子化状态的蛋白质更容易将小 ...

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azero 发表于 Post on 2024-4-14 16:05:13

sobereva 发表于 2024-4-14 03:26
没有确切语境的话，“结合自由能=结合能-TΔS”根本不成立
你先看看MMPBSA的基本资料，搞清楚影响结果的 ...

哦哦，好的，我看懂了~谢谢社长

sobereva 发表于 Post on 2024-4-14 03:26:46

azero 发表于 2024-4-13 13:55
谢谢社长~
①原来我一直搞乱了结合自由能和结合能
查了查结合自由能=结合能-TΔS

没有确切语境的话，“结合自由能=结合能-TΔS”根本不成立
你先看看MMPBSA的基本资料，搞清楚影响结果的都有哪些因素
直接用gmx energy得到的两个组之间的相互作用能仅仅是MM部分，PBSA体现的溶剂效应对结合自由能有至关重要的影响，不考虑根本不行，绝对不是就相差个TΔS的事。即便在气相下，那个式子也不严格，倘若结合能是用电子能量求差算的，二者之间除了TΔS还相差着焓的热校正量的改变量。

没确切标准，根据小分子的结构特征、实际和蛋白质结合的情况判断。拿不准就反复试，看什么样的距离最能说明问题

sobereva 发表于 Post on 2024-4-13 06:18:40

直接跑动力学，对轨迹进行分析就完了，诸如用VMD的选择语句统计蛋白质附近一定距离内的特定小分子数。根本不需要计算相互作用能来说明。

那叫MMPBSA，而且MMPBSA的目的是算结合自由能
说清楚你所谓的结合能怎么定义的，如果本来就是指隐式溶剂环境下的结合自由能，自然和MMPBSA得到的没区别

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