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求助：ATB显示error后产生的拓扑文件能够使用吗？

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MGRACE

发布时间: 2024-4-16 11:15

正文摘要:

老师们好，利用ATB生成拓扑后出现Error recorded：Unsupported bond length encountered: 1.86nm (Si11-O13). This often indicates there is an error in the submitted structure.但ATB仍然生成了itp文件只是没有 ...

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MGRACE 发表于 Post on 2024-4-16 15:48:44

sobereva 发表于 2024-4-16 14:49
GROMOS力场不支持Si元素
含硅体系可以用sobtop（http://sobereva.com/soft/Sobtop）创建拓扑文件，GAFF不 ...

sob老师好，其实之前用过sobtop产生拓扑但是缺少二面角参数，找了挺多文献但还是有些没找到没法补全，在ATB的力场文件中看到有si元素参数而且看到有已经提交过含si元素的分子所以才改用了ATB，目前已经基于ATB产生了两组结果如果再改回amber前两组就要重新做很麻烦。

sobereva 发表于 Post on 2024-4-16 14:49:43

GROMOS力场不支持Si元素
含硅体系可以用sobtop（http://sobereva.com/soft/Sobtop）创建拓扑文件，GAFF不支持的元素可以自动用UFF的LJ参数、缺失的成键相关参数可以自动猜谐振势参数，或者基于Hessian自动计算，或者自己补充

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