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【已经解决】TD计算后无法生成cube文件

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发布时间: 2016-11-17 12:24

正文摘要:

本帖最后由 ssp2493187 于 2016-11-18 09:41 编辑 各位老师好!学生我有问题请教各位老师们,我的这个分子属于酞菁锌衍生物的双层结构,对该分子进行了TD的计算,得到了log文件和fchk文件,我和组内的导师对结果 ...

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ssp2493187 发表于 Post on 2016-11-18 09:45:58
感谢论坛上各位老师们的帮助。由于该分子过大,之前死掉是由于给TD-analy的运行内存不够用,后期因为计算量巨大造成了软件停在这个位置不动,其实还在运行当中,已经由服务器得到了cube文件,非常感谢各位的指点!感谢版主sob老师在群里的解答,也感谢论坛的朋友们的帮忙!
ssp2493187 发表于 Post on 2016-11-18 09:40:54
qczgzly 发表于 2016-11-18 09:00
1、增加激发态的计算数量对f值几乎没有任何影响,因为f属于某个激发态的内在性质,与其它激发态无关。
2 ...

嗯嗯 ,谢谢您的解答!非常感谢,受益匪浅
qczgzly 发表于 Post on 2016-11-18 09:00:53
ssp2493187 发表于 2016-11-17 20:48
感谢您的解答,有个小问题跟您请教一下,我仅仅只是算了40个激发态,我也发现我在计算的时候大部分f的值 ...

1、增加激发态的计算数量对f值几乎没有任何影响,因为f属于某个激发态的内在性质,与其它激发态无关。
2、TD-analy属于“一键式”处理TD计算数据的程序,使用无比方便,然而一旦出错原因难以排查。事实上如果仅计算个别f值大的激发态,Multiwfn也是不错的选择。
ssp2493187 发表于 Post on 2016-11-17 23:03:43
978142355 发表于 2016-11-17 22:46
嗯,我其实只是想试一试Multiwfn运行是不是好使,但是你这个体系太大了,要产生个chk文件耗时很大。我感 ...

好的,谢谢您的建议,我明天把fchk弄网盘里,然后请各位大神拯救,非常感谢
978142355 发表于 Post on 2016-11-17 22:46:15
ssp2493187 发表于 2016-11-17 21:03
实话实说啊,我刚刚入手看见小卒扔进去,然后出错了,然后他说应该是fchk的问题,然后试了一下也没发现具 ...

嗯,我其实只是想试一试Multiwfn运行是不是好使,但是你这个体系太大了,要产生个chk文件耗时很大。我感觉你都可以把fchk上传至百度网盘,然后大家下载,都比单纯计算快了。
ssp2493187 发表于 Post on 2016-11-17 21:03:10
978142355 发表于 2016-11-17 20:55
您这是太客气了。。。。。。。。小卒在论坛上贡献也是有目共睹的。我的意思是,是你用Multiwfn文件转换cu ...

实话实说啊,我刚刚入手看见小卒扔进去,然后出错了,然后他说应该是fchk的问题,然后试了一下也没发现具体问题出现在什么位置,不同泛函下进行这个分析出现的问题是相同的,所以大胆猜测了一下应该不是fchk的问题,除非是巧合了,我抓紧搞清楚multiwfn然后截图给老师们!如果您还有其他建议还请指教,谢谢您啦,非常感谢!
978142355 发表于 Post on 2016-11-17 20:55:50
ssp2493187 发表于 2016-11-17 20:38
首先感谢您的回答,您的意思是multiwfn检测了一下也是没发现问题的对吗?我们一开始是怀疑fchk文件出了问 ...

您这是太客气了。。。。。。。。小卒在论坛上贡献也是有目共睹的。我的意思是,是你用Multiwfn文件转换cube文件的时候,是不是也是出错了?
ssp2493187 发表于 Post on 2016-11-17 20:48:21
qczgzly 发表于 2016-11-17 19:09
这个问题估计只能求助TD-analy开发者本人。看了log文件发现大部分激发态的振子强度f小于0.1,没有必要计算 ...

感谢您的解答,有个小问题跟您请教一下,我仅仅只是算了40个激发态,我也发现我在计算的时候大部分f的值很小,增加激发态的数目会有效果吗?还有就是TD-analy就是北京科技大学我们组我们敬爱的DFT小卒yjcmwgk写的程序软件,因为我们没有找到好的解决方法,所以只好请教各位啦!谢谢您的回答,拜谢
ssp2493187 发表于 Post on 2016-11-17 20:38:24
978142355 发表于 2016-11-17 16:01
个人在这个方面比较外行,不过想试验一下。我想用Multiwfn试一试你这个分子的fchk文件,再产生cub文件的 ...

首先感谢您的回答,您的意思是multiwfn检测了一下也是没发现问题的对吗?我们一开始是怀疑fchk文件出了问题的,但是小卒(也就是我的小导)帮我试了一下这个fchk,实在是没有找到这个问题出在哪儿了,所以请论坛上各位高手,还有我们敬爱的sobereva,小卒也希望sobereva老师和各位高手指点,拜谢各位给出的各种回答和建议,谢谢,再次感谢您的回答
qczgzly 发表于 Post on 2016-11-17 19:09:57
这个问题估计只能求助TD-analy开发者本人。看了log文件发现大部分激发态的振子强度f小于0.1,没有必要计算。建议只挑选f>0.1的激发态计算电子密度转移。
978142355 发表于 Post on 2016-11-17 16:01:58
ssp2493187 发表于 2016-11-17 13:04
由于fchk文件达到了900MB无法上传 所以只能上传log文件,希望各位老师可以给点儿建议,非常感谢!(我导师 ...

个人在这个方面比较外行,不过想试验一下。我想用Multiwfn试一试你这个分子的fchk文件,再产生cub文件的时候,产生多少个符合你预期的要求,看你的这个图是18个?
ssp2493187 发表于 Post on 2016-11-17 13:04:54
由于fchk文件达到了900MB无法上传 所以只能上传log文件,希望各位老师可以给点儿建议,非常感谢!(我导师大家都在论坛上称呼他为DFT小卒,就不写他账号了)我们没有找到合适的方法,还请高手们指点,这里拜谢各位啦!!

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