Serious 发表于 2024-4-17 10:35
1）将LIG.pdb、SAM.pdb（小分子）和PRO.*.pdb（Desktop.zip中文件，蛋白小分子复合体）同时载入pymol，PRO. ...

感谢回复，确实存在位置重叠，我重新搞一下体系中小分子的位置

1）将LIG.pdb、SAM.pdb（小分子）和PRO.*.pdb（Desktop.zip中文件，蛋白小分子复合体）同时载入pymol，PRO.*.pdb中小分子明显与蛋白某些残基位置重叠，而LIG.pdb 和 SAM.pdb则与蛋白空间匹配良好；显然是tleap生成拓扑等文件时，提供的起始结构有问题；你没有提及如何构建起始结构的，这得你自己检查了。。

图1 绿色为LIG.pdb，蓝色为PRO_dry.pdb。红色箭头显示结构冲突部分，白色箭头显示PRO_dry.pdb中小分子多出的氧原子与LIG.pdb中某个氧原子坐标重合；