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gmx如何固定fe基面在跑md时不散乱，我尝试用位置限制但跑完nvt铁面的原子都松散。

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chuxuedexiaobai

发布时间: 2024-4-17 20:11

正文摘要:

各位老师，同学：我看有的论文在做某些物质在金属表面如fe（110）基面的吸附时并不会提到金属基面的固定，我自己构建了fe(110)基面，在mdp文件中使用位置限制后发生了散乱问题，尝试了重新建模也无法避免，随后尝 ...

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chuxuedexiaobai 发表于 Post on 2024-4-22 09:52:51

sobereva 发表于 2024-4-20 07:48
当然位置限制只需要写1个原子，因为你当前19200个Fe共享同一个只包含一个Fe的[moleculetype]
搞清楚字段 ...

老师，这样的话，我之前就是位置限制只写了一个，但是他就是一直会散，而且轨迹文件按设置应该有25帧，但现在只要3帧。就是不清楚问题到底在哪。

chuxuedexiaobai 发表于 Post on 2024-4-22 09:50:16

Seyilaxa 发表于 2024-4-19 14:05
看起来似乎没什么问题，有观察过轨迹看看跑散是怎么发生的吗

轨迹只要3帧，然后第二帧我看就乱了，但我的设置按道理轨迹应该有25帧的，好奇怪啊，就是找不到问题在哪

sobereva 发表于 Post on 2024-4-20 07:48:11

chuxuedexiaobai 发表于 2024-4-19 09:23
好的，谢谢老师，那就是itp也要写19200个原子才能限制嘛

当然位置限制只需要写1个原子，因为你当前19200个Fe共享同一个只包含一个Fe的[moleculetype]
搞清楚[position_restraint]字段是对[moleculetype]而言的

Seyilaxa 发表于 Post on 2024-4-19 14:05:44

chuxuedexiaobai 发表于 2024-4-19 09:22
itp 在附件，可以帮忙看一下嘛，感谢

看起来似乎没什么问题，有观察过轨迹看看跑散是怎么发生的吗

dzdhp 发表于 Post on 2024-4-19 09:58:00

chuxuedexiaobai 发表于 2024-4-19 09:22
itp 在附件，可以帮忙看一下嘛，感谢

你这不还是老问题吗，说了要先index再限制，你限制的时候没带上index文件吧，所以限制完了posre里头还只是一个铁，正常归组再限制里面应该是19200铁。用命令gmx genrstr -f 结构文件.gro -n index.ndx

chuxuedexiaobai 发表于 Post on 2024-4-19 09:23:22

sobereva 发表于 2024-4-19 05:11
当前铁的[moleculetype]只有一个原子，显然位置限制里的原子序号只能是1

好的，谢谢老师，那就是itp也要写19200个原子才能限制嘛

chuxuedexiaobai 发表于 Post on 2024-4-19 09:22:37

dzdhp 发表于 2024-4-18 15:28
限制有问题，发一下top和itp

itp 在附件，可以帮忙看一下嘛，感谢

em.mdp

1.01 KB, 下载次数 Times of downloads: 11

fe.itp

181 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 22

fe-posre.itp

305 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 26

md-fe.top

455 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 22

nvt-0.5.mdp

2.05 KB, 下载次数 Times of downloads: 15

sobereva 发表于 Post on 2024-4-19 05:11:55

chuxuedexiaobai 发表于 2024-4-18 14:33
您好，我尝试了把所有的铁原子建组然后用genrstr限制，然后跑nvt发生了报错，这个错误是因为我itp里没有 ...

当前铁的[moleculetype]只有一个原子，显然位置限制里的原子序号只能是1

dzdhp 发表于 Post on 2024-4-18 15:28:19

chuxuedexiaobai 发表于 2024-4-18 14:33
您好，我尝试了把所有的铁原子建组然后用genrstr限制，然后跑nvt发生了报错，这个错误是因为我itp里没有 ...

限制有问题，发一下top和itp

chuxuedexiaobai 发表于 Post on 2024-4-18 11:20:06

dzdhp 发表于 2024-4-18 10:47
你要先把你的19200个铁用ndx归为一组，再用genrestr把他们一起限制住

好的，我去试试，感谢您

dzdhp 发表于 Post on 2024-4-18 10:47:12

chuxuedexiaobai 发表于 2024-4-18 10:09
老师，不知道是不是我文件有问题，还是我限制的方式错了，itp和posre.itp里面都只写了一个铁原子，因为所 ...

你要先把你的19200个铁用ndx归为一组，再用genrestr把他们一起限制住

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