ORCA计算RESP原子电荷报错

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发布时间: 2024-4-18 20:38

想做一下蛋白和小分子配体的模拟，用sobtop_1.0(dev3.2)，得到itp文件之后发现小分子没有电荷，尝试用Sob老师编写的ORCA脚本（RESP2_ORCA.sh）计算小分子电荷。在计算之前还要进行几何优化嘛。

回复 Reply

牧生 发表于 Post on 2024-5-24 20:29:27

lxhpdx 发表于 2024-5-24 16:53
老师，下面第一张是我跑gromacs的时候，用的线程，
但是用ORCA——RESP脚本计算电荷的时候nprocs只能设 ...

大概率因为你没装好openmpi

牧生 发表于 Post on 2024-4-21 16:57:32

本帖最后由牧生于 2024-4-21 17:17 编辑

lxhpdx 发表于 2024-4-21 13:41
老师之前有个帖子说更改slurm脚本可以解决（关于ORCA在超算上运行的not enough slots available in the s ...

你先解决有无，先运行起来了再说。直接把并行核数改成1，绝对不会因为核数，mpirun的问题而出错。

等你意会到mpi，物理核数等意义以后，再把核数改到合适。

sobereva 发表于 Post on 2024-4-20 07:49:28

lxhpdx 发表于 2024-4-19 23:08
有出现了线程报错，上一个帖子我看了修改了，这个报错又是怎么回事呀

ORCA输入文件里设的并行线程数超过了mpirun给的核数

snljty2 发表于 Post on 2024-4-19 10:50:12

lxhpdx 发表于 2024-4-19 09:52
Sob老师，是这样的但是他显示优化不成功，就直接退出脚本了，然后打开opt.out,也只看到几何优化失败，但 ...

上面报错信息已经写的非常清楚了，解决方法也提供了。如果还看不明白的话，看卢老师博文《root用户在用openmpi并行计算时避免加--allow-run-as-root的方法》。

sobereva 发表于 Post on 2024-4-19 03:12:10

这个脚本里已经自带了几何优化步骤，博文里都明确说了
ORCA结合Multiwfn计算RESP、RESP2和1.2*CM5原子电荷的懒人脚本
http://sobereva.com/637（http://bbs.keinsci.com/thread-28178-1-1.html）

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