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有GROMACS关于RMSD的问题想请教下大家

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MYSY08

发布时间: 2024-4-19 11:42

正文摘要:

我做的是DNA适配体与有机小分子的分子动力学模拟，我从B站一位大佬那得知最小二乘法叠合DNA算小分子可以来表征结合的“稳定性”，那么是不是其RMSD能表现出来是否达到了平衡呢？但计算化学公社“谈谈怎么判断分子动 ...

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MYSY08 发表于 Post on 2024-4-19 16:26:30

sobereva 发表于 2024-4-19 15:02
RMSD曲线是基于轨迹算的，想了解RMSD为什么显著波动，显然必须直接观看轨迹，否则光靠凭空猜谁猜得准。直接 ...

好的，谢谢大佬

MYSY08 发表于 Post on 2024-4-19 16:26:01

sobereva 发表于 2024-4-19 14:32
不要自己在标题里手写[GROMACS]这种标签，给你改了，以后注意！

好的，以后注意

sobereva 发表于 Post on 2024-4-19 15:02:00

RMSD曲线是基于轨迹算的，想了解RMSD为什么显著波动，显然必须直接观看轨迹，否则光靠凭空猜谁猜得准。直接播放动画弄不明白就在VMD里多帧叠加显示。

某些小分子和生物分子在结合状态下，前者的朝向、位置本身就可能反复变化，即便体系已平衡了也会如此，不能一味地以包含配体的RMSD曲线是否平衡作为判据。生物大分子部分对骨架进行叠合并考察骨架的RMSD可以用来判断生物大分子的构象是否达到平衡。

sobereva 发表于 Post on 2024-4-19 14:32:47

不要自己在标题里手写[GROMACS]这种标签，给你改了，以后注意！

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