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跑蛋白多聚体能量最小化报错，求大佬解答

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-Vanilla-

发布时间: 2024-4-19 12:25

正文摘要:

本帖最后由 -Vanilla- 于 2024-4-19 12:44 编辑用gmx跑了一个蛋白四聚体，在生成tpr文件的时候warn：“The largest distance between excluded atoms is 8.825 nm between atom 22400 and 22402, w ...

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tianjue 发表于 Post on 2024-11-9 15:00:38

-Vanilla- 发表于 2024-4-19 14:11
已经解决了，我之前在预处理蛋白的时候把四个配体合成一个分子了，后面用单独四个分子跑就没问题不会报错

请问是怎么分为四个分子跑的呢?是每个原子单独成链吗，还是每个分子采用不同的命名呢？

-Vanilla- 发表于 Post on 2024-4-19 14:11:15

Seyilaxa 发表于 2024-4-19 13:53
要么是盒子尺寸设置不合理，要么就是模拟崩溃了。
检查一下拓扑文件和.gro文件内的信息是否都正确。

已经解决了，我之前在预处理蛋白的时候把四个配体合成一个分子了，后面用单独四个分子跑就没问题不会报错

Seyilaxa 发表于 Post on 2024-4-19 13:53:48

要么是盒子尺寸设置不合理，要么就是模拟崩溃了。
检查一下拓扑文件和.gro文件内的信息是否都正确。

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