yxdd98 发表于 2024-7-18 10:17
主要问题是虚拟位点的定义，virtual_sites2，使用funct 1时，a指的是两个连线原子的权重系数，比如在你的 ...

感谢纠正谬误，我刚才把a都调到0.5了，又发现之前上传的nvtmd.mdp写法有点问题，后面是冻结分子的设置，手动删去并把控温组改成system，消除平动，其他设置不变。我之前试过了sobtop中不同的基于hessian生成力常数的方法，结合着虚拟位点这些电荷都会产生很诡异的运动模式。我刚才想到，既然想要维持碳环的刚性和平面性，而不希望它扭曲，同时体现出局部电荷特征，我就索性把所有键角和二面角力常数调大了10倍，然后再在真空中跑nvtmd，步长仍然是2fs,a使用原来的数值或者改正后的0.5都尝试了，发现这次带着虚拟位点电荷也不会使结构有不稳定的问题了。虽然有些随意性和人为性，但是至少能带着电荷模拟了。

不想飞的猫头鹰 发表于 2024-4-21 20:14
感谢sob老师，之前没手写过虚拟位点，用的都是直接下载好的文件中的虚拟位点比如martini2粗粒化力场中的 ...

主要问题是虚拟位点的定义，virtual_sites2，使用funct 1时，a指的是两个连线原子的权重系数，比如在你的体系里，虚拟位点位于碳碳键中部的话，a就取0.5就行，你按实际距离来设置虚拟点，就会导致重叠了。
跑了一下，发现18碳环会发生各种奇怪的扭曲构象，不清楚itp里的键参数是否有改进的地方

C18的那点静电作用，对多数情况的常温下的动力学行为不会有显著影响，对于下面两篇文章研究的情况就是如此，起码造成的误差比其它方面（如范德华作用描述误差、C18结构柔性描述误差、OPP部分描述的误差等）还小。如果说C18都必须靠虚拟点来描述其静电分布不均衡的特征的话，那文中的OPP部分也该这么考虑，那就太麻烦了
理论设计新颖的基于18碳环构成的双马达超分子体系
http://sobereva.com/684（http://bbs.keinsci.com/thread-39132-1-1.html）
8字形双环分子对18碳环的独特吸附行为的量子化学、波函数分析与分子动力学研究
http://sobereva.com/674（http://bbs.keinsci.com/thread-38312-1-1.html）

只有对动力学精度要求较高、需要描述得很精细，比如Carbon, 171, 514-523 (2021)这篇文章里通过动力学考察18碳环二聚体，那才需要考虑静电作用的影响。如果不描述出静电作用，两个18碳环都不会呈现长键对着短键的交错结构。


所有那些基于数值格点的方法计算的原子电荷不可能算出来18个碳的电荷正好相同，因为实际用的格点不是无穷精细。增加格点密度可以增加等价性。