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径向分布函数中纵坐标的数值大小是否有意义

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Dreamer1

发布时间: 2024-4-22 00:02

正文摘要:

老师好，我在用gromacs进行电解液的分子动力学模拟后，进行了径向分布函数分析。首先，电解液的溶质是离子液体（阳离子是N连接的双五环结构，阴离子是FSI阴离子，下面附上了分子结构图），溶剂是乙腈，添加剂是乙酸 ...

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ioktjg 发表于 Post on 2024-5-6 13:58:07

1.其他线看着正常，绿线很怪，不是在配位峰后就收敛到一，是不是在体系中非均匀分布
2.RDF可以用来粗糙地计算自由能，比较组分间相互作用，配位峰高和谷高是有意义的（N. Dubouis, A. Serva, R. Berthin, G. Jeanmairet, B. Porcheron, E. Salager, M. Salanne & A. Grimaud. Tuning water reduction through controlled nanoconfinement within an organic liquid matrix. Nature Catalysis 3, 656-663 (2020).）

202405061357438327..png (222.36 KB, 下载次数 Times of downloads: 24)

sobereva 发表于 Post on 2024-4-22 06:44:27

建议你先搞清楚rdf是怎么定义的，弄明白分子和分母对应什么，结合实际体系自然知道怎么解释结果

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