sobereva 发表于 2024-4-23 08:38
取决于具体缺了哪里，是否是感兴趣的区域、是否对整体构象产生显著影响。
我从来不用CHARMM-GUI，如果你提 ...

谢谢sob老师，当时图省事，用了CHARMM-GUI搭建，我按照sob老师建议，用gromacs搭建模型。

取决于具体缺了哪里，是否是感兴趣的区域、是否对整体构象产生显著影响。
我从来不用CHARMM-GUI，如果你提供的蛋白质本身是完整的，这个程序莫名其妙把一部分搞没了，强烈建议用gromacs的mdrun支持的membed方法实现蛋白质插入膜，这是原理上最为理想的把蛋白质插入膜的方法，在北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_content.html）里面讲膜蛋白的模拟部分我给了完整具体的例子。