ysrhhhh 发表于 2024-4-23 21:23
谢谢社长，我重新修改了一下，但还是出现了问题，以下是我修改后的文件，这次是within这里出现了报错(inv ...

明显用法不对
within只能出现在选择语句里，而$oxygen_sel是个atomselect对象，后面显然不能直接接一个选择语句，根本没有这种用法

https://www.bilibili.com/video/B ... arch-card.all.click      

你看这个教程更合适。

sobereva 发表于 2024-4-23 08:44
atomselect对象根本没有get后面跟上一个序号的用法

参考北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www ...

谢谢社长，我重新修改了一下，但还是出现了问题，以下是我修改后的文件，这次是within这里出现了报错(invalid command name)，但是反复尝试了其他表示，还是没有解决，还请指点，还有修改了上次的错误部分没出现报错，但是还是没有完整运行下来，也烦请再看下是否合理
set outfile [open growthrate.dat w]
set oxygen_sel [atomselect top "name OW"]
#在某一帧上进行循环
set nf [molinfo top get numframes]
proc analyze_frame {} {
    global oxygen_sel outfile
    set num_oxygen_atoms [$oxygen_sel num]
    set frame_sum 0
    for {set i 0} {$i < $num_oxygen_atoms} {incr i 1} {
        foreach j [$oxygen_sel list] {
            set coordinate($j) [atomselect top "index $j"]
        set neighbors [ $oxygen_sel within 2.5 of $coordinate($j)]
        set num_neighbors [llength $neighbors]
        if {$num_neighbors > 1} {
            incr frame_sum
        }
      }
    }
    puts $outfile $frame_sum
}
#在每一帧上进行循环
animate goto 0
for {set i 0} {$i < $nf } {incr i} {
    animate goto $i
    analyze_frame
}
#关闭文件
close $outfile
puts "All Done!"

atomselect对象根本没有get后面跟上一个序号的用法

参考北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_content.html）的ppt了解get该怎么用：