sobereva 发表于 2024-4-23 08:27
被include的拓扑文件都不给，别人无从检查
按照http://sobereva.com/soft/Sobtop#FAQ8说的逻辑，由简到繁 ...

sob老师不好意思，我补上了.itp文件，麻烦老师帮我看看是什么问题，我也按照您的建议自己也检查检查看。

被include的拓扑文件都不给，别人无从检查
按照http://sobereva.com/soft/Sobtop#FAQ8说的逻辑，由简到繁，先确保纳米片本身能正常模拟，再说复合体系。并且根据gromacs提示的原子序号进行检查。并且弄清楚在sobtop产生拓扑文件时周期性考虑得是否正确，别比如产生itp的时候某方向当成了周期性并判断出了跨盒子的键，结果实际模拟体系中那个方向却不是周期性的。