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求助：如何计算含锰金属酶与小分子的相互作用？

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bht

发布时间: 2024-4-23 11:21

正文摘要:

本帖最后由 bht 于 2024-4-23 11:30 编辑为了计算含有锰离子的金属酶与小分子互作，我使用gromcas_2018.8版本进行动力学模拟，首先存在的问题是，力场中不含有Mn离子，因此，通过文献 ...

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bht 发表于 Post on 2024-4-24 22:19:49

好的好的，非常感谢社长回复。

sobereva 发表于 Post on 2024-4-24 07:35:51

发完帖子后检查帖子，不要残留未解析的标签，发现后及时删掉，免得给别人阅读造成严重不便

把freeze改成位置限制就能做NPT

当前没给出具体结构，别人也无从得知蛋白质和小分子结构、接触方式等信息，没法准确回答结果是否合理。如果蛋白质和Mn之间有直接的配位作用，那么这种基于力场给出的相互作用能没有意义，需要量子化学方法计算，可参考下文构造簇模型来考察。
要善用簇模型，不要盲目用ONIOM算蛋白质-小分子相互作用问题
http://sobereva.com/597

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