如何利用gmx计算出不同类别的水分子与离子的相互作用

查看数: 824 | 评论数: 2 | 收藏 Add to favorites 1

关灯 | 提示：支持键盘翻页<-左右->

发布时间: 2024-4-23 11:23

各位老师，这是我在一篇文献里看到的，研究的是在不同电场强度下，离子与溶剂层中不同类别的水分子(第一溶剂化层中的水分子、第二溶剂化层中的水分子、距离离子1 nm以内的水分子、其余的水分子)的相互作用。文献里说 ...

回复 Reply

lucky1999 发表于 Post on 2024-4-24 08:32:57

sobereva 发表于 2024-4-24 07:29
gmx select命令可以根据选择语句产生含有特定部分原子的索引文件，参考北京科音分子动力学与GROMACS培训班 ...

谢谢sob老师的解答！

sobereva 发表于 Post on 2024-4-24 07:29:20

gmx select命令可以根据选择语句产生含有特定部分原子的索引文件，参考北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_content.html）ppt:

gromacs的选择语句和VMD有很大类似之处，也可以用within这样的表示，以此选择特定距离内的水。培训班里“均相体系的模拟与性质的计算” 部分末尾对gromacs的选择语句有系统的介绍，gromacs手册里也能看到一些说明。

		自动登录 Automatic login	找回密码 Forget password
密码 Password			注册 Register