求教羧基周围水分子的径向分布函数绘制方法

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发布时间: 2024-4-23 21:58

体系介绍：表面活性剂分子吸附在油水界面，表活剂分子中带有-COOH，目的是计算羧基周围水分子分布的径向分布函数我采取的步骤： 1、创建-COOH索引gmx make_ndx -f xx.gro -o xx.ndx,选择a O5 O6 H30 C37 2、计算 ...

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zyp1999 发表于 Post on 2024-6-17 14:04:13

喝杯热水发表于 2024-4-24 19:32
而且你这个积分出来的两个平台，看起来是跟你参考文献的图的两个峰的位置比较吻合。

你好，我算rdf也算出来跟楼主类似的图，所以也是进行了积分吗，怎么样才能不积分，得到上面参考文献那种图呢？

喝杯热水 发表于 Post on 2024-4-24 19:32:50

而且你这个积分出来的两个平台，看起来是跟你参考文献的图的两个峰的位置比较吻合。

喝杯热水 发表于 Post on 2024-4-24 19:30:55

你的这个图看起来是对rdf进行了积分啊。

sobereva 发表于 Post on 2024-4-24 07:02:01

先试试只考虑一个COOH得到的rdf是什么情况，别一次把所有表面活性剂的COOH都纳入进去。而且从文献的示意图看，参考组取的是羧基碳，而不是所有羧基原子

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