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模拟100ns后生成的RMSD数据图在用trjconv指令矫正后波动仍较大，如何进一步收敛

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12313

发布时间: 2024-4-24 13:15

正文摘要:

我使用gmx trjconv -s md_0_1.tpr -f md_0_1.xtc -o md_0_1nojump.xtc -pbc nojump -ur compact指令对xtc文件进行周期性矫正，RMSD图像有所收敛，但是波动仍较大，想问一下大家还有没有办法让RMSD图像再继续做进一步 ...

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12313 发表于 Post on 2024-5-9 19:17:35

胡枝子发表于 2024-5-9 17:12
我想收敛的意思应该指的是从非平衡态到一个平衡态，也就是RMSD基本维持在某个值附近；
他有说RMSD应该在 ...

好的，谢谢

胡枝子 发表于 Post on 2024-5-9 17:12:22

12313 发表于 2024-5-8 17:41
波动程度应该有个限度吧，那怎么才算是收敛了呢，这个审稿人有没有说呢

我想收敛的意思应该指的是从非平衡态到一个平衡态，也就是RMSD基本维持在某个值附近；
他有说RMSD应该在0.1~0.2nm
我已经重新跑模拟了

12313 发表于 Post on 2024-5-8 17:41:11

胡枝子发表于 2024-5-7 20:49
我跟你遇到一样问题，我还跑了200ns，审稿人说不收敛

波动程度应该有个限度吧，那怎么才算是收敛了呢，这个审稿人有没有说呢

胡枝子 发表于 Post on 2024-5-7 20:49:14

我跟你遇到一样问题，我还跑了200ns，审稿人说不收敛

sobereva 发表于 Post on 2024-4-25 06:09:01

该什么样就是什么样，没法人为调整，要不然就成造假了。纯粹想让视觉上看起来波动更小的话，Y轴用更大上限。

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