蛋白双配体限制性动力学模拟bonds that rotated more than 30 degrees报错

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发布时间: 2024-4-24 16:10

做限制性动力学时，显示键旋转的角度过大，然后报错，终止运算。 pr.mdp是限制性动力学参数文件，DabAdeleteH.top是主拓扑文件，glu和gpp是两个配体。

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lxhpdx 发表于 Post on 2024-5-2 16:28:37

sobereva 发表于 2024-5-1 22:48
检查方式之前我提到的链接里该说的都说了，我没时间仔细检查和测试

感谢sob老师的回答

sobereva 发表于 Post on 2024-5-1 22:48:35

lxhpdx 发表于 2024-5-1 20:19
sob老师我先只模拟了在水溶液中蛋白和glu配体，模拟报错。
然后只模拟水溶剂中的蛋白，成功
然后模拟真 ...

检查方式之前我提到的链接里该说的都说了，我没时间仔细检查和测试

sobereva 发表于 Post on 2024-5-1 22:36:04

lxhpdx 发表于 2024-5-1 20:29
sob老师，我在使用服务器计算时，安装Multiwfn——noGUI版本，调用noGUI安装包下中的RESP2_ORCA.sh时，显 ...

显然把脚本里的Multiwfn改成Multiwfn_noGUI

sobereva 发表于 Post on 2024-4-25 06:10:45

照着http://sobereva.com/soft/Sobtop#FAQ8自行排查

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