JCenter 发表于 2024-9-9 15:31
高能垒的地方由于力常数过小，导致该处没法被拴住，采样不充分。因此要在高能垒处的窗口采用较高的K值。

请问不同窗口可以用不同的力常数吗

JCenter 发表于 2024-9-10 00:40
不会的，我都有设置过k=15000的情况

嗯嗯，好的，非常感谢~

pixy 发表于 2024-9-9 22:44
嗯嗯是的，我最近也在尝试你说的这种方法，但是我不确定力常数太大的话会不会影响能垒的准确性？这个K值 ...

不会的，我都有设置过k=15000的情况

JCenter 发表于 2024-9-9 15:31
高能垒的地方由于力常数过小，导致该处没法被拴住，采样不充分。因此要在高能垒处的窗口采用较高的K值。

嗯嗯是的，我最近也在尝试你说的这种方法，但是我不确定力常数太大的话会不会影响能垒的准确性？这个K值一般有上限吗？设5000左右会不会太高呢？

pixy 发表于 2024-9-6 03:08
你好，我也遇到了类似的问题，想请教你这个问题是怎么解决的？非常感谢！

高能垒的地方由于力常数过小，导致该处没法被拴住，采样不充分。因此要在高能垒处的窗口采用较高的K值。

你好，我也遇到了类似的问题，想请教你这个问题是怎么解决的？非常感谢！

七尺贱 发表于 2024-4-26 18:29
Plumed跟着手册学吗，有没有其它学习教程推荐

自带的教程挺详细了吧

fhh2626 发表于 2024-4-26 11:51
这个一两句话说不清楚啊，你可以先学一下专业一点的自由能计算模块，比如Colvars和Plumed，都可以和GMX联 ...

Plumed跟着手册学吗，有没有其它学习教程推荐

fhh2626 发表于 2024-4-26 11:51
这个一两句话说不清楚啊，你可以先学一下专业一点的自由能计算模块，比如Colvars和Plumed，都可以和GMX联 ...

好嘞，感谢大佬

JCenter 发表于 2024-4-26 11:39
好的，感谢大佬，文献我好好学习一下。此外，您讲的内容里，学生有几点疑惑，希望大佬您有机会指点 ...

这个一两句话说不清楚啊，你可以先学一下专业一点的自由能计算模块，比如Colvars和Plumed，都可以和GMX联用，里面有eABF或者MtD，并且可以更加复杂的甚至自定义的CVs。如果做得糙一些，也可以施加几何约束

fhh2626 发表于 2024-4-26 09:51
首先，你这个自由能计算是收敛不了的，你选择的CV(s)无法充分描述你要研究的运动。要记住自由能计算是可逆 ...

好的，感谢大佬，文献我好好学习一下。此外，您讲的内容里，学生有几点疑惑，希望大佬您有机会指点一下。1.“你这个自由能计算是收敛不了的，你选择的CV(s)无法充分描述你要研究的运动。”这个自由能计算的收敛性是如何判断的呢。2。关于点群变量CV(s),和考虑的反应坐标。如何考虑球面坐标以充分描述我体系的运动，是选择pull代码中pull_coord1_geometry哪种方式呢，通过看代码，发现没有合适的关键词。

首先，你这个自由能计算是收敛不了的，你选择的CV(s)无法充分描述你要研究的运动。要记住自由能计算是可逆的，你选的反应坐标要能驱动你研究的运动过程的可逆发生。这个体系如果你只考虑质心距，不考虑其他球面坐标的话，如果你用MtD或者ABF，就会发现你只能发现配体被拉出来，拉不回去了。

其次，这个过程很多年前就被研究过了
https://pubs.rsc.org/en/content/articlelanding/2014/cp/c4cp04200j