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openbabel能量最小化组氨酸中的咪唑环结构出错

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Drunk_bear

发布时间: 2024-5-1 20:18

正文摘要:

用openbabel转换文件时出现报错，打开文件发现碳氮五元环结构变形，如图。请问怎么解决？文件是否可以继续用于分子对接？ ~/q$ obabel n215.sdf -O 215.pdbqt --minimize --ff GAFF ============================= ...

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Drunk_bear 发表于 Post on 2024-5-9 09:08:12

sobereva 发表于 2024-5-8 20:01
明显不正常，根本不符合化学常识
分子对接没有一般意义的力场选择概念，这些力场也不是直接用于一般的分 ...

好的，谢谢老师，那我就改用MMFF94进行能量最小化

sobereva 发表于 Post on 2024-5-8 20:01:53

Drunk_bear 发表于 2024-5-8 18:54
老师，再请问一下有人说这种咪唑环变形是能量最小化后的正常构型之一，那能贴图在文章中吗？
把多肽能量 ...

明显不正常，根本不符合化学常识
分子对接没有一般意义的力场选择概念，这些力场也不是直接用于一般的分子对接程序中的

sobereva 发表于 Post on 2024-5-1 22:19:33

如果n215.sdf本身结构就是合理的，别让openbabel做优化，或者换成DFT优化

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