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求助：做了一个500aa大小的二聚体蛋白模拟，200ns，审稿人提出rmsd未达到收敛

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胡枝子

发布时间: 2024-5-2 00:10

正文摘要:

做了一个500aa大小的二聚体蛋白模拟，模拟时长200ns，审稿人提出rmsd未达到收敛。问题1：Although each system deviates by 1 nm after 200 ns it does not mean the structures have stabilized or that the stru ...

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beyond 发表于 Post on 2024-5-2 04:48:33

问题1，你的RMSD太大了，0.8-1.4 nm，还是比较大的，你可以把你的图片贴出来，还有计算方法简单说一下，你的体系也不算大，RMSD值一般也不至于这么大。。。

问题2，简单点说，就是说你模拟时间不够长，是说要你延长模拟时间，到500ns，或者1us。。。

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