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发布时间: 2024-5-2 01:46
正文摘要:各位小哥哥，各位大佬们，请教一个问题呀~ 是这样的，我最近在模拟的体系中，包含64个水分子和一个丙酮酸分子，然后我先用CP2K的QS模块，跑AIMD，得到平衡构型的.xyz格式文件，接下来我想用MM方法继续跑动力学，于 ... |
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只有NPA电荷，没有NBO电荷，仔细看 计算化学中的一些常见不良写法和用词 http://sobereva.com/298（http://bbs.keinsci.com/thread-1358-1-1.html） NPA和Mulliken电荷对静电势重现性太烂，不可能用于分子力场。仔细看《原子电荷计算方法的对比》（http://www.whxb.pku.edu.cn/CN/abstract/abstract27818.shtml）以及《RESP拟合静电势电荷的原理以及在Multiwfn中的计算》（http://sobereva.com/441）里的讨论。 VMD里输入以下命令可以产生只有拓扑信息而没有具体参数和原子电荷的psf文件 topo guessbonds topo guessangles topo guessdihedrals topo guessimpropers animate write psf example.psf |
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