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gmx mdrun调用GPU失败

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17-li

发布时间: 2024-5-2 20:32

正文摘要:

这是我跑模拟的两条命令： gmx grompp -v -f md_gpu_PME.mdp -c em_npt.gro -t em_npt.cpt -p topol.top -n index.ndx -o HPEP_WTfx1_gpumd.tpr nohup gmx mdrun -pin on -deffnm HPEP_WTfx1_gpumd -v & 现在 ...

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17-li 发表于 Post on 2024-5-6 08:56:00

现在编译成功了gromacs 2022.4，之前在cmake那一步有问题，把-DGMX_GPU=ON改成-DGMX_GPU=CUDA就可以了。现在又有了新的问题，我编译好的这个gmx2022.4只有root能用，普通用户找不到gmx命令

sobereva 发表于 Post on 2024-5-3 19:55:31

17-li 发表于 2024-5-3 10:09
感谢老师，主要是我之前按照这个方法装过，但是到后面几步的时候就出现了报错：
cmake .. -DCMAKE_INSTA ...

2024年GPU加速跑还用gmx2019干嘛，效率大打折扣

sobereva 发表于 Post on 2024-5-2 23:14:34

按标准方式正经自己编译一个，别图省事
GROMACS的安装方法（含全程视频演示）
http://sobereva.com/457（http://bbs.keinsci.com/thread-11821-1-1.html）

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