求助请问在用qsub XX.pbs提交作业到超算上进行Gaussian计算时，提示错误该如何....

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发布时间: 2024-5-4 10:38

最近在用Gaussian进行分子动力学模拟，给超算提交作业脚本的时候遇到了一些问题。建立完gif文件之后，我在学校的超算平台找到了g09.pbs文件，按照里面的作业模板编辑了配置内容。但是在我使用qsub g09.pbs命令提交作 ...

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lanlin 发表于 Post on 2024-6-12 10:52:24

王二葛发表于 2024-6-11 10:16
原因是 scratch 目录被重新定义到 /tmp 了，导致 /tmp 下的 scratch 目录无法创建

解决方法，在加载 Gau ...

我不太懂脚本，请问能告诉我具体修改哪一行吗，多谢你了。

王二葛 发表于 Post on 2024-6-11 10:16:01

原因是 scratch 目录被重新定义到 /tmp 了，导致 /tmp 下的 scratch 目录无法创建

解决方法，在加载 Gaussian 环境之后、调用 Gaussian 之前，重新 export scratch 目录

lanlin 发表于 Post on 2024-6-11 08:16:42

sobereva 发表于 2024-5-4 16:11
描述得乱七八糟，当前脚本里明显是调用g16而不是g09的。相关问题应当直接咨询管理员

当前根本不是动力学 ...

描述的是有问题，第一个脚本是根据管理员给的g16.pbs文件，g09.pbs的他提供的另外一个文件，我太着急就把两个名称打混乱了。gjf文件里面是计算前的结构优化，我想先结构优化，再寻找过渡态。scf=qc我刚学，跟着教程写的，的确存在很大的误区。

sobereva 发表于 Post on 2024-5-4 16:11:28

描述得乱七八糟，当前脚本里明显是调用g16而不是g09的。相关问题应当直接咨询管理员

当前根本不是动力学，而明明是几何优化

别习惯性带着scf=qc，否则会自取其辱，看下文
解决SCF不收敛问题的方法
http://sobereva.com/61

分清楚gif和gjf

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