求助：模拟大量水分子通过不同温度纳米通道的过程如何控温

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发布时间: 2024-5-5 13:25

本帖最后由 1015866003 于 2024-5-5 13:26 编辑如图，纳米通道是由两片石墨烯构成，所以我将其固定住，之间保留2nm孔隙让水分子通过，但是我一旦h2o和sheet3-5分别控温的话，水分子由于温度太低就不动了，后面我 ...

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sobereva 发表于 Post on 2024-5-8 19:32:21

1015866003 发表于 2024-5-6 17:46
好的sob老师，我没注意到这个功能，感谢提醒。

昨天我按照链接里的内容，操作如下：

既然有#ifdef POSRES这样预处理指令，显然mdp里得写define = -DPOSRES才能令下面的设置生效

sobereva 发表于 Post on 2024-5-6 00:45:08

1015866003 发表于 2024-5-5 16:01
感谢sob老师的回答！但是我还有一点不明白，我是应该用restraint还是constraint呢？明白了这一点之后，是直 ...

解析gromacs的restraint、constraint和freeze
http://sobereva.com/10

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1015866003 发表于 Post on 2024-5-5 16:01:45

感谢sob老师的回答！但是我还有一点不明白，我是应该用restraint还是constraint呢？明白了这一点之后，是直接在mdp文件里面设置如（restraint = sheet3-5）吗？因为此前对这三种模拟技术用的少，我都混淆了

sobereva 发表于 Post on 2024-5-5 13:45:57

用freeze可不温度恒为零。改成位置限制才不会恒为零。本来当前就应该用位置限制而不是freeze

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