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用cellulose-builder构建纤维素后，在gromacs中用charmm36力场处理纤维素，pdb2gmx...

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雨中宇

发布时间: 2024-5-5 16:37

正文摘要:

使用gromacs的pdb2gmx应用charmm36立场使纤维素pdb文件（cellulose-builder）生成topol文件过程中报错 Fatal error: Residue 1 named BGLC of a molecule in the input file was mapped to an entry in the topol ...

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yuzc 发表于 Post on yesterday 15:50

Radonpy现在支持GLYCAM06，有pdb就行。之前有文献对比过GROMOS,CHARMM36,GLYCAM06，发现GLYCAM06做纤维素晶体最好。

student0618 发表于 Post on 2026-1-6 14:29:41

pendft 发表于 2026-1-6 10:27
您好，可以请教下纤维素模型的建立方法吗？

先直接看程序的文档试试，遇到实际问题再问较好哦。

pendft 发表于 Post on 2026-1-6 10:27:24

swagger 发表于 2025-11-10 15:12
大佬，我也用cellulose bulider构建纤维素，但是两端一端羟基缺少氢，一端碳上缺少羟基，我看您的结构文 ...

您好，可以请教下纤维素模型的建立方法吗？

swagger 发表于 Post on 2025-11-10 15:12:55

雨中宇发表于 2024-5-6 15:40
老师我检查了下发现我的残基类型与其他人基于CLYCAM06立场定义的NBG残基定义一致，原子名完全相同，但是 ...

大佬，我也用cellulose bulider构建纤维素，但是两端一端羟基缺少氢，一端碳上缺少羟基，我看您的结构文件好像是完整的，想请教您，您是自己补了原子吗？还是说其他方式？

sobereva 发表于 Post on 2024-5-8 19:03:42

雨中宇发表于 2024-5-6 15:40
老师我检查了下发现我的残基类型与其他人基于CLYCAM06立场定义的NBG残基定义一致，原子名完全相同，但是 ...

不兼容
跟别人一样用AMBER14SB'就完了

雨中宇 发表于 Post on 2024-5-6 15:40:15

sobereva 发表于 2024-5-5 19:09
参看北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_content.html）的ppt里的 ...

老师我检查了下发现我的残基类型与其他人基于CLYCAM06立场定义的NBG残基定义一致，原子名完全相同，但是他是在amber14sb立场包里，可以把相应的定义改写到charmm36立场中吗，会兼容吗，比如把NBG残基的rtp信息加入到charmm36的插入carb.rtp中，将pdb文件中的残基名都改为NBG，在改写residuetype.dat，在其中加入NBG，在改编SPCEbond4.dat文件

雨中宇 发表于 Post on 2024-5-6 08:12:23

sobereva 发表于 2024-5-5 19:09
参看北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_content.html）的ppt里的 ...

好的老师我重新检查一下

sobereva 发表于 Post on 2024-5-5 19:09:12

参看北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_content.html）的ppt里的解释：

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