gromacs跑出来prod.gro在VMD中不均匀

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发布时间: 2024-5-6 00:36

计算化学刚开始学习，想跑2M LiFSI在体积比为1比1的EMC+TTE溶剂中的电解液，通过计算在10nm*10nm*10nm的盒子中分子数分别为1204，2304和1078，但在gmx insert-molecules中插入不了这么多原子，然后我将分子数都除2插 ...

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sobereva 发表于 Post on 2024-5-6 00:43:29

利用压浴将之消掉（自发调整密度）
盒子平衡之前不要用PR压浴，这是基本的常识
用Berendsen压浴，并结合较小的ref_p加速这个过程

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