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Gromcas 程序中零电荷电势(PZC)是怎么计算的,或者说是怎么设置的?

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发布时间: 2024-5-6 12:46

正文摘要:

我想请教一下,最近读了一篇文献,利用Gromacs程序模拟2M/L ZnSO4在Zn电极表面的双电层行为,作者在SI写到“采用零电荷电位(PZC)来近似Zn/Zn2+在水相中的平衡势。界面电容设为40 μF cm-1。”, 1、我不太理解这句 ...

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DIDIDLILI 发表于 Post on 2025-5-9 19:33:44
ioktjg 发表于 2024-5-16 10:15
**** 作者被禁止或删除 内容自动屏蔽 ****

这篇真的重复不出来
zhangshu 发表于 Post on 2024-5-17 09:45:28
ioktjg 发表于 2024-5-16 10:15
原来是这篇文章。。是这样的:
1)在这篇的设置中,PZC是电极电荷设置为0时的情况,其他电势是相对PZC状 ...

好的,谢谢您的回复
ioktjg 发表于 Post on 2024-5-16 10:15:44
zhangshu 发表于 2024-5-6 14:37
能否请教一下,他那个界面电容是怎么设置的?还有第二张图里的PZC处特征吸附量是怎么算的?

原来是这篇文章。。是这样的:
1)在这篇的设置中,PZC是电极电荷设置为0时的情况,其他电势是相对PZC状态电极电势的值
2)所以“知道“电容,根据电容公式,知道电势变化,就知道表面应该设置的静电荷变化量了
3)其实这个方法不严谨,因为这篇PZC和实验都是找的实验值。体系真实的电容,受组分浓度影响,受你力场选择的影响。你可以用泊松积分的方法,以体相作为参考点,计算加表面电荷后的电势变化(如果你研究的电压也是离PZC -0.04 V,还不如不加。。这么小不会导致界面结构有明显区别)。
4)慎用此篇的锌电极力场,这篇甚至没有给来源、引用、或数据,就敢说力场参数好。
5)MD大部分计算都可以通过对轨迹坐标进行处理得到,比如这篇算的这个界面密度分布。比较简单的是用python 的MDanalysis包,无论你用GROMACS还是lammps,只要能生成XTC,都可以用此包进行处理。得到坐标后对分子/离子质心的Z坐标进行频率统计就行了。

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zhangshu 发表于 Post on 2024-5-6 14:37:26
ioktjg 发表于 2024-5-6 13:47
1. PZC状态对应到MD里面,比较简单的做法就是电极原子不设置电荷进行模拟(一般的模拟不考虑电偶极矩)。
...

能否请教一下,他那个界面电容是怎么设置的?还有第二张图里的PZC处特征吸附量是怎么算的?
zhangshu 发表于 Post on 2024-5-6 14:34:56
ioktjg 发表于 2024-5-6 13:47
1. PZC状态对应到MD里面,比较简单的做法就是电极原子不设置电荷进行模拟(一般的模拟不考虑电偶极矩)。
...

这篇文章 “Reconstruction of Electric Double Layer for Long-Life Aqueous Zinc Metal Batteries”
ioktjg 发表于 Post on 2024-5-6 13:47:22
1. PZC状态对应到MD里面,比较简单的做法就是电极原子不设置电荷进行模拟(一般的模拟不考虑电偶极矩)。
2. 大概率是设置表面电荷,能否Po出原文?

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