猫头鹰 发表于 2024-5-7 16:04 问题已解决，是pbs文件和rungms文件中设置的问题。 |
zjxitcc 发表于 2024-5-7 15:57 好的好的，谢谢老师的回答 |
本帖最后由 zjxitcc 于 2024-5-7 15:58 编辑 猫头鹰 发表于 2024-5-7 15:24 您已陷入乱试，胡乱copy。两行export完全没用，也不需要修改主节点和计算节点的stacksize，你需要的是找到一个师兄或者机器管理员，当场帮你看一下，2min解决问题。 |
猫头鹰 发表于 2024-5-6 23:33 alias写在~/.bashrc中、或者在终端中敲入，虽然可以在当前终端中使用，但都不能被pbs脚本识别。你可以把它改成export GMS=/home/sym/gamess/rungms，然后退出重登，pbs脚本中使用$GMS提交任务，而非gms。 .gms输出文件名后缀是用户指定的，GAMESS本身不会产生.gms文件，这个是很多GAMESS用户的选择，而不是GAMESS官方说会产生的文件。比如 $GMS xxx.inp 00 4 >xxx.gms 2>&1 这样当然就会产生xxx.gms文件。 |
zjxitcc 发表于 2024-5-6 21:08 老师好，现在已经按照《GAMESS简易编译教程》重新安装gamess了，可以运行gms命令，细微的差别是在rungms文件中set SCR=/scratch/jxzou/gamess 和 set USERSCR=/scratch/jxzou/gamess两行的路径我是在gamess安装目录中新建了scratch文件夹然后写的引到这个文件夹的，临时文件就保存在该文件夹中。但是pbs还是交不了作业，情况仍然如帖子所示：显示R之后没有计算就结束了，没有产生log文件或者gms文件，scratch文件夹中也没有文件。这样的话，问题可能在两个地方了：一个是pbs文件写错了（最后一行命令按照老师上次说的进行了修改），一个是环境变量需不需要再加点什么呢，在系统中，我只是按照教程添加了alias gms='/home/sym/gamess/rungms'。 |
本帖最后由 zjxitcc 于 2024-5-6 21:22 编辑 猫头鹰 发表于 2024-5-6 20:25 把hostname修改成节点名称 这是很旧的GAMESS的安装方式，这几年的GAMESS早就不用这样了。rungms文件只需要修改三个路径（SCR，USERSCR，GMSPATH），推荐阅读《GAMESS简易编译教程》 另外提醒一下，rungms文件呆在gamess/目录里就行，不用移动/复制到别的地方。 |
zjxitcc 发表于 2024-5-6 19:37 非常感谢老师的回复。帖子出了点问题，现在对帖子进行了修改。学生认为问题可能出现在两个地方，一个是PBS文件本身，一个是rungms文件设置的有问题（根据安装流程把hostname改成了主节点名称，需要把计算节点加进来吗），麻烦老师了 |
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你这是正常算完的，能量和力看上去也是正常的，不过输出文件里有一些警告信息 Note: The following floating-point exceptions are signalling: IEEE_UNDERFLOW_FLAG IEEE_DENORMAL 这个要考虑一下是不是GAMESS编译得有问题。 另外，建议把>& $OUTPUT改成> $OUTPUT 2>&1 |
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