使用gromacs和travis生成的空间分布函数SDF不一致？

查看数: 1606 | 评论数: 11 | 收藏 Add to favorites 1

关灯 | 提示：支持键盘翻页<-左右->

发布时间: 2024-5-7 15:29

各位老师同学好，目前我正在尝试画CO2在溶剂中的空间分布函数（SDF），从论坛中学习了两种方法： 1.将CO2置于盒子中心，然后按中心分子对轨迹进行叠合, 移除中心分子的转动和平动，对所需要分析的对象C1设置了一个 ...

回复 Reply

zxcvbnMia 发表于 Post on 2024-12-30 10:33:10

moni0823 发表于 2024-8-31 14:31
我是按照知乎上面帖子的操作去完成的，你可以试试看。https://zhuanlan.zhihu.com/p/528741207

你好，请问你有出现与帖子里的例子相同的情况吗？就是怎么调iso都无法出现明显的等值面

yilan 发表于 Post on 2024-8-31 14:50:28

moni0823 发表于 2024-8-31 14:31
我是按照知乎上面帖子的操作去完成的，你可以试试看。https://zhuanlan.zhihu.com/p/528741207

非常感谢，我试试。

moni0823 发表于 Post on 2024-8-31 14:31:04

yilan 发表于 2024-8-30 17:15
朋友，请问怎样移除中心分子的平动和转动啊？按照sob老师的例子能做出SDF，但做自己的体系一直做 ...

我是按照知乎上面帖子的操作去完成的，你可以试试看。https://zhuanlan.zhihu.com/p/528741207

yilan 发表于 Post on 2024-8-30 17:15:39

朋友，请问怎样移除中心分子的平动和转动啊？

按照sob老师的例子能做出SDF，但做自己的体系一直做不出来，步骤都是严格按照例子来的

七尺贱 发表于 Post on 2024-8-29 17:02:14

759884279 发表于 2024-8-29 10:19
感谢您的回复，想再问问Travis有相关教程视频或者文件吗？虽然感觉和Sob老师开发的Multiwfn一样方便，但 ...

确实

759884279 发表于 Post on 2024-8-29 10:19:08

moni0823 发表于 2024-8-29 09:54
不好意思我不会，我只使用travis分析过空间分布函数

感谢您的回复，想再问问Travis有相关教程视频或者文件吗？虽然感觉和Sob老师开发的Multiwfn一样方便，但实在是无从下手...

moni0823 发表于 Post on 2024-8-29 09:54:09

759884279 发表于 2024-8-28 21:34
朋友您好，请问您会用travis进行ADF角分布函数的分析吗？

不好意思我不会，我只使用travis分析过空间分布函数

759884279 发表于 Post on 2024-8-28 21:34:28

朋友您好，请问您会用travis进行ADF角分布函数的分析吗？

sobereva 发表于 Post on 2024-5-8 20:11:16

moni0823 发表于 2024-5-8 10:06
sob老师您好，我还有一个问题想请教一下，关于这个isovalue的取值有什么讲究嘛？因为不同的isovalue呈现 ...

Multiwfn FAQ
http://sobereva.com/452
看里面Q63

moni0823 发表于 Post on 2024-5-8 10:06:53

sobereva 发表于 2024-5-8 06:19
说明travis没用对，我也不用那程序
直接用图1的结果就完了

sob老师您好，我还有一个问题想请教一下，关于这个isovalue的取值有什么讲究嘛？因为不同的isovalue呈现出来的构象都不一样，哪一个才是最适合的？

sobereva 发表于 Post on 2024-5-8 06:19:43

说明travis没用对，我也不用那程序
直接用图1的结果就完了

		自动登录 Automatic login	找回密码 Forget password
密码 Password			注册 Register