wmy1217 发表于 2023-4-18 14:29 您好，我目前也是关于含锌蛋白的模拟，参数文件这里遇到一些问题，可以留个联系方式请教一下吗 |
tianflame 发表于 2017-4-17 09:58 您好，我目前也是关于含锌蛋白的模拟，参数文件这里遇到一些问题，可以留个联系方式请教一下吗 |
qczgzly 发表于 2016-11-28 16:29 你好，最近也遇到了相同的问题，不会转化gromacs所需的文件。请问当时关于这篇帖子的金属虚拟原子模型的itp以及gro文件您还有保存吗，有的话可以发我一份吗？不胜感激 |
fantasticqhl 发表于 2016-11-28 05:32 您好！我最近想用opls力场建立锌离子的cationic dummy model，但也是看着文献中的一些参数却想不通如何建立相关的itp文件，如果可以的话，希望能发我一份你们的itp文件，让我参考一下，谢谢！  |
tianflame 发表于 2017-4-17 09:58 你好，你把你的邮箱地址发给我吧，短消息也行， 我再发给你！ |
fantasticqhl 发表于 2016-11-28 05:32 您好！我是分子模拟的初学者，看到了您在论坛里关于锌离子的Cationic dummy model的工作，我最近在尝试用gromacs处理一个含锌离子的蛋白，如果方便的话，能否请您将相关的gro与itp文件发给我？非常感谢您的帮助！ |
fantasticqhl 发表于 2016-11-28 05:32 非常感谢！我把邮箱通过消息发给你了~论坛里果然高手云集呐。 |
|
本帖最后由 fantasticqhl 于 2016-11-28 05:40 编辑 你好! 第一篇是我们的工作! 你给我一个邮箱把, 我可以把相关的gro与itp文件发给你, 这样你就可以直接用Gromacs跑了! 而你也可以以此为参照, 把Mg2+的模型的Amber参数改为Gromacs了. 另外我现在也在用Amber做一些相关的工作, 如果你需要用到第二篇的模型, 我也可以给与一定的帮助! |
| 参与人数Participants 2 | eV +5 | 收起 理由Reason |
|---|---|---|
|
| + 3 | 谢谢 |
|
| + 2 |
手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图
GMT+8, 2026-2-25 00:52 , Processed in 0.164520 second(s), 26 queries , Gzip On.
组图打开中，请稍候......
收藏 Add to favorites