linlink 发表于 2024-5-15 08:45
谢谢老师，
1.请问您说的这个计算级别是指运用的基组和方法等吗？
2.请问您说的簇足够大怎么界定，这是 ...

1 是
2 感兴趣的分子被周围一圈分子包完整了就够了。当前没问题

linlink 发表于 2024-5-14 23:55
老师，方法想用Multiwfn做AIM分析，根据对应氢键的BCP的密度进行氢键键能计算

簇挖得足够大令边界效应足够小的时候，对簇的中心区域进行分析，结果等同于晶体周期性计算时用足够大超胞（以此避免不考虑k点造成的不合理）的时候。当然前提是计算级别是相同的

sobereva 发表于 2024-5-14 23:04
说具体以什么方式算氢键键能

老师，方法想用Multiwfn做AIM分析，根据对应氢键的BCP的密度进行氢键键能计算

linlink 发表于 2024-5-14 22:14
sob老师，我按照您的指导完成了计算，但是我后面如果想对里面的氢键键能进行计算。如果挖团簇计算的话和 ...

说具体以什么方式算氢键键能

sobereva 发表于 2024-5-12 17:27
主要看晶胞尺寸，各方向最好>15埃，至少大于10埃

sob老师，我按照您的指导完成了计算，但是我后面如果想对里面的氢键键能进行计算。如果挖团簇计算的话和我直接从晶体计算，结果有没有差异，差异大吗，谢谢老师

linlink 发表于 2024-5-12 15:59
sob老师，这个足够大的标准是不是我的晶胞里面有完整且对称的分子链就可以

主要看晶胞尺寸，各方向最好>15埃，至少大于10埃

linlink 发表于 2024-5-12 10:29
谢谢sob老师，请问老师 我都建模到图二这种大小是不是就可以

是

sobereva 发表于 2024-5-12 02:38
molden文件只能记录gamma点波函数，晶胞不够大的话，只考虑gamma点计算的结果本来就是不合理的。所以晶胞 ...

sob老师，这个足够大的标准是不是我的晶胞里面有完整且对称的分子链就可以

谢谢sob老师，请问老师 我都建模到图二这种大小是不是就可以

linlink 发表于 2024-5-11 08:45
好的，不好意思老师。是这样，我的聚合物晶胞如图一所示。然后我现在是每个方向扩了两倍，如图二所示。目 ...

molden文件只能记录gamma点波函数，晶胞不够大的话，只考虑gamma点计算的结果本来就是不合理的。所以晶胞不够大时需要扩胞再算。图2那样通常没问题

不需要扩胞倍数相同，而需要gamma点计算时晶胞对每个体系来说都已经足够大，这样就可以对比

linlink 发表于 2024-5-10 08:19
谢谢老师，我参照您的方法用CP2K跑出了周期性体系，现在有一个问题请教您，请问这个晶胞建模的大小对我研 ...

先得说清楚原先晶胞多大
并且最好给截图
以及说清楚用什么方式研究弱相互作用

sobereva 发表于 2024-5-8 18:35
没明显意义。几何结构、分子间相互作用都和凝聚态可能有显著差别。更适合用CP2K当周期性体系算

谢谢老师，我参照您的方法用CP2K跑出了周期性体系，现在有一个问题请教您，请问这个晶胞建模的大小对我研究弱相互作用影响大吗，就比如每个方向扩胞3倍或5倍