Gromacs模拟有机小分子体系出现LINCS warnings和segmentation fault

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lrl

发布时间: 2024-5-8 15:13

本帖最后由 lrl 于 2024-5-8 21:43 编辑各位老师好！我的模拟体系中有纤维素、半纤维素、木质素（均使用简化模型）和木质素磺酸钠、氢氧化钠，在473K下进行模拟，分子模型均为自己使用Gaussview构建，在B3LYP- ...

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t675210552 发表于 Post on 2024-12-9 22:48:48

你好，我目前在做一个与你极其类似而体系，也是同样提示too many lincs warnings (20005)，不知道你的问题是否已经解决，如何解决的，请教一下！

lrl 发表于 Post on 2024-5-8 21:39:46

sobereva 发表于 2024-5-8 18:43
尝试用1fs步长模拟。此时也用不着constraints = hbonds
仔细观察轨迹，看是否有异样，特别是断掉之前的情 ...

好的，感谢sob老师指点，我马上去试试
我第一次上传文件，填写了备注，是鼠标放在文件上会显示文件的名称，现在已经重新修改了，非常抱歉给您带来不便

sobereva 发表于 Post on 2024-5-8 18:43:57

尝试用1fs步长模拟。此时也用不着constraints = hbonds
仔细观察轨迹，看是否有异样，特别是断掉之前的情况
Na+用ions.itp里的定义就完了，没必要用sobtop产生

每次上传一堆文件时主动说清楚各个文件都对应什么免得别人猜

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