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求助,在集群的网络共享目录跑STEOM-DLPNO-CCSD计算任务比在本地硬盘目录慢6倍

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发布时间: 2024-5-8 19:18

正文摘要:

Orca 5.0.4,openMPI 4.1.1 inp文件: ! RHF STEOM-DLPNO-CCSD cc-pVDZ cc-pVDZ/C TightSCF CPCM(toluene) %MaxCore 5000 %pal nprocs 24 end %mdci   nroots      20    ...

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GGCD 发表于 Post on 2024-5-11 09:39:41
sobereva 发表于 2024-5-8 20:31
硬盘速度与内存容量对量子化学计算速度影响的测试
http://sobereva.com/397

感谢sob老师解惑
GGCD 发表于 Post on 2024-5-11 09:10:53
niobium 发表于 2024-5-8 19:26
没有办法。CC计算过程中本来就有大量的文件读写过程,而且是并行读写。所以他测试的读写性能如果只是串行的 ...

感谢解惑
abin 发表于 Post on 2024-5-9 14:34:47
本帖最后由 abin 于 2024-5-9 14:46 编辑

这套机器/集群的配置在这里:
https://cgglzx.jlu.edu.cn/provider/#/publish/20LBKM4KT89MED76

整理后的配置信息在这里:
https://gitee.com/hpc4you/grand-ram-gpu

数位专职管理员都不接手该集群管理/运维, 理由是, (机器/集群)跑起来很困难.

某位领导指出,  “说这套集群配置是垃圾的人, 就是白痴”.

浪潮技术也说了, 测试数据达标呀.
我说, 达不达标我不懂, 可是用户说:“跑啥都慢”, 你们和领导以及用户沟通就行了.
的确有用户, 实名通过电邮反馈, ORCA慢17倍, NAMD.GPU慢2~3倍.
(大家都是读过书的博士, 肯定是和性能相近的硬件做比对的).

100Gbps带宽, I/O测试可以跑到11GB/s, 是数据达标. (100/8=12.5GB/s, 跑到11GB/s性能不差的呀).

不过, 我这个外行认为, I/O测试的那些参数, 并不能反映并行计算集群中的I/O的实际需求.
结果就是, 如果计算涉及磁盘I/O, 肯定慢.



另, 你没有猜错, 我这个外行倒霉鬼, 在暂时运维管理这套(两套)集群.
领导说“你做的这些个管理集群的工作, 在学校无法考核衡量工作量, 所以没有津贴补助, 也没有酬劳.”
对, 我是友情提供协助, 原则是, 保持浪潮交付的“固定资产”原样运行.

不要动不动就骂集群管理员是白痴/不干活, 先问, 有没有给管理员付薪水,
问问领导给管理员定的工作内容和职责.



sobereva 发表于 Post on 2024-5-8 20:31:04
硬盘速度与内存容量对量子化学计算速度影响的测试
http://sobereva.com/397

耦合簇计算对硬盘I/O速度敏感
niobium 发表于 Post on 2024-5-8 19:26:21
没有办法。CC计算过程中本来就有大量的文件读写过程,而且是并行读写。所以他测试的读写性能如果只是串行的,那不能说明问题。

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