被科研狠狠摩擦 发表于 2025-6-26 21:04
同学，你好。我想模拟一下金属离子（锂离子、钠离子）和醚链（PEO等）的配位，请问你是把单独的一两个分子 ...

我在水溶剂下跑的MD,水盒子里填入了多个配体和离子，不是单独的。

同学，你好。我想模拟一下金属离子（锂离子、钠离子）和醚链（PEO等）的配位，请问你是把单独的一两个分子分子和金属离子放在盒子里，还是考虑了真空条件下或者溶剂条件，一定的浓度，许多分子放在一起模拟的呢？可不可以给我说一下你的流程呢。

这样模拟只能体现O与Fe能够结合，但无法正确表现出配位键特征，给出的力场级别的相互作用能和配位键键能也完全没有可比性。算实际的相互作用能得用量子化学方法才能得到靠谱的结果

羧基的质子化状态是动态变化的。就算原本是COOH，Fe配位的时候也可以把H+置换下去。