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BOMD中，怎么实现分子以某一速度沿 Z 坐标向指定位置移动

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MD萌新

发布时间: 2024-5-9 10:44

正文摘要:

本帖最后由 MD萌新于 2024-5-9 16:08 编辑最近看到几篇文献，由于是CP2K新手，对此有几个疑问想请各位大佬解答： 1. 如 ...

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MD萌新 发表于 Post on 2024-5-9 20:38:29

七尺贱发表于 2024-5-9 19:48
你说的是这个意思呀，可能plumed可以做到

好的，谢谢，我看看plumed怎么用

七尺贱 发表于 Post on 2024-5-9 19:48:01

MD萌新发表于 2024-5-9 15:47
谢谢您，但是有一点没搞懂，就是 Gview 或者 VMD 如何对分子进行移动。我是想观察分子从气相过渡（即移动 ...

你说的是这个意思呀，可能plumed可以做到

MD萌新 发表于 Post on 2024-5-9 15:47:31

本帖最后由 MD萌新于 2024-5-9 16:10 编辑

七尺贱发表于 2024-5-9 11:56
1.用Gview就可以简单的移动，比较粗糙；用VMD或者gromacs可以精确移动
2.成断键反应就用CP2K跑BOMD就可以 ...

谢谢您，但是有一点没搞懂，就是 Gview 或者 VMD 如何对分子进行移动。我是想观察分子从气相过渡（即移动）到液相的过程中，在气液界面上会发生什么反应，因此跑模拟的时候应该需要提前设定好。您的意思是VMD里可以通过什么方式实现模拟过程中的移动是吗？我看到的原文是在 BOMD 里以 157 m/s 的速度让 SO3 分子沿 Z 轴运动。

七尺贱 发表于 Post on 2024-5-9 11:56:35

1.用Gview就可以简单的移动，比较粗糙；用VMD或者gromacs可以精确移动
2.成断键反应就用CP2K跑BOMD就可以，结果导入vmd，参考sob老师的“使VMD播放轨迹时同步显示帧号http://sobereva.com/13”
3.正常跑CP2K的分子动力学，观察到成断键不就行了
4.gromacs的伞状采样，别的软件也可以

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