流程问题求助，建立膜盒子体系后，使用freezegrps限制单组原子，运行md报错

查看数: 1210 | 评论数: 3 | 收藏 Add to favorites 1

关灯 | 提示：支持键盘翻页<-左右->

发布时间: 2024-5-9 11:58

目前在做一个膜盒子体系。膜已经建立起来了，盒子内跑完热循环生成随机分布的分子链的PA层，然后把盒子沿着Z轴扩大，不知道是不是固定的PA层出问题了，扩增盒子之后导致原先因为pbc处于边界的分子链键断了。求 ...

回复 Reply

sobereva 发表于 Post on 2024-5-12 02:40:39

ups223 发表于 2024-5-11 19:04
谢谢老师解答，把控压关了就可以了，constraints=all-bonds我没改也能跑，想知道这个对后面做过滤盐离子 ...

参考北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_content.html）的ppt：

ups223 发表于 Post on 2024-5-11 19:04:40

sobereva 发表于 2024-5-10 23:41
freeze甭和控压一起用，改用位置限制或者不控压。论坛里我之前说过无数次
当前体系也根本不适合isotropic ...

谢谢老师解答，把控压关了就可以了，constraints=all-bonds我没改也能跑，想知道这个对后面做过滤盐离子影响大吗？一些基础的问题我还在学习。

sobereva 发表于 Post on 2024-5-10 23:41:55

freeze甭和控压一起用，改用位置限制或者不控压。论坛里我之前说过无数次
当前体系也根本不适合isotropic方式的控压
绝对不要用constraints=all-bonds

		自动登录 Automatic login	找回密码 Forget password
密码 Password			注册 Register